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第十六条 工程竣工验收合格，应当按照下列规定进行竣工结算：
(一)承包方应当在工程竣工验收合格后的约定期限内提交竣工结算文件。
(二)发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。
(三)发包方对竣工结算文件有异议的，应当在答复期内向承包方提出，并可以在提出之日起的约定期限内与承包方协商。
(四)发包方在协商期内未与承包方协商或者经协商未能与承包方达成协议的，应当委托工程造价咨询单位进行竣工结算审核。
(五)发包方应当在协商期满后的约定期限内向承包方提出工程造价咨询单位出具的竣工结算审核意见。
发承包双方在合同中对上述事项的期限没有明确约定的，可认为其约定期限均为28日。
发承包双方对工程造价咨询单位出具的竣工结算审核意见仍有异议的，在接到该审核意见后一个月内可以向县级以上地方人民政府建设行政主管部门申请调解，调解不成的，可以依法申请仲裁或者向人民法院提起诉讼。
工程竣工结算文件经发包方与承包方确认即应当作为工程决算的依据。
二、工程款支付法律分析
从以上法律可知：
(一)从立法角度来看，
1、建设工程款的结算一般由当事人根据国家工程计价办法等规定进行约定，一旦约定结算方法与结算原则，应该严格按照合同约定执行，对合同没有约定的，可以参照国家或者地方计价方法进行结算;
2、当事人对部分工程款结算已经双方确认的，不得因一方当事人的反悔而对确认部分的工程进行重新估价或鉴定;
对双方未确认的部分，可以由双方当事人共同委托工程造价审计机构进行审计。但审计的原则是，合同有约定工程款计算方法的，应该按照合同约定原则进行审计，充分尊重当事人的意思自治，合同未有约定计算方法的项目，则可参照国家或地方工程计价标准结算;
3、对于发包方因设计变更或者其他因素而导致的工程量增加部分工程款结算，合同有约定结算方法的，从约定，未约定的，当事人可以根据国家或者地方工程计价办法进行结算，达不成一致意见的，可申请鉴定确定，或寻求建设部门调解，或直接起诉。
4、对于阴阳合同,即当事人通过当事人在建设局备案的合同价款(阳合同)与代表当事人真实意思表示和建设施工合同(阴合同)，工程款结算按备案合同(阳合同)进行结算;
5、结算工程款的程序：工程竣工验收后，先由承包方提交结算文件，发包方必须在约定时间内(未约定则在28天内)对结算文件进行答复，否则视为认可承包方的结算文件，若有争议，则协商，协商不成，由发包方或者双方共同委托中介机构进行造价鉴定，若对造价结果有异议，则请求建设局调解或者直接起诉;
6、支付工程款的时间，合同有约定的，从约定，无约定的，对尚未交付的工程，提交竣工结算文件之日为应付款时间，已交付的，交付之日为应付款时间，既未交付、也未结算的，起诉之日为应支付工程款时间;
7、 迟延支付工程款的，应该支付利息，利息有约定的，从约定，没有约定的，按照银行同期贷款利息计算迟延支付利息;当然，迟延支付工程款的，可能会导致承担违约金、赔偿承包人窝工、停工损失、承包人解除合同等违约责任。
8、发包人未付工程款的，承包人对其所承包的工程享有法定优先权，该优先权优于抵押权等意定性优先权和其他债权。
(二)司法实践中不尽人意的地方：
参考很多建筑工程工程款结算案例，当前,很多地方法院出于地方保护主义等案外因素，在工程款结算中，很多案例并不尊重当事人的合同约定、甚至对双方已经达成的结算协议书所确认的工程款都不予以考虑，法院经常委托中介鉴定机构对工程价进行审计，而且，往往根据审计价格进行判决。
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