财务净现值指标的主要缺点是必须先确定一个符合经济现实的折现率或财务基准收益率，而在方案的决策过程中，由于环境因素变化和决策者的心理预期波动，该折现率的设定往往是比较困难的，因此选项C正确。选项A错误，财务净现值指标的优点恰恰是考虑了资金的时间价值；选项B错误，该指标能够全面考虑方案在整个计算期内现金流量的时间分布状况；选项D错误，该指标经济意义明确直观，能够直接以货币额表示方案的盈利水平。