【内容考查】本题考查信息系统工程监理中索赔处理程序的相关知识，特别是索赔申请的提交时间和程序。

【选项分析】A. 错误。索赔申请不能在项目结束后任意时间提交，这违反了合同规定和索赔程序。

B. 正确。根据索赔处理程序，申请方应在合同规定的期限内向监理机构提交索赔申请，这是标准的索赔流程。

C. 错误。将索赔申请限制在项目开始前是不合理的，因为很多索赔事项可能在项目进行过程中发生。

D. 错误。索赔申请应当通过监理机构提交，而不是直接向业主单位提交，这是为了确保索赔程序的规范性和监理机构的管理职责。因此，正确答案是B选项。这符合信息系统监理师基础知识中关于索赔处理程序的规定，确保了索赔过程的规范性和时效性。