【内容考查】本题考查净室软件工程（CSE）的理论基础中函数理论的应用。

【选项分析】

A. 错误。函数理论在CSE中不是用于定义软件测试覆盖率，而是用于程序规范和正确性验证。

B. 正确。根据教材，函数理论将程序视为从定义域（所有可能的输入序列的集合）到值域（所有对应于输入的输出集合）的映射。这种观点是CSE中函数理论应用的核心。

C. 错误。函数理论在CSE中主要用于程序规范和正确性验证，而不是优化算法复杂度。

D. 错误。函数理论不直接用于估算软件开发成本，这更多属于项目管理领域。

函数理论在CSE中的主要应用是将程序规范视为函数规范，强调完备性、一致性和正确性。这种方法有助于通过基于函数理论的推理来验证设计的正确性，是CSE追求零缺陷或接近零缺陷的重要理论基础。