在编制非同一控制下控制权取得日合并财务报表时，如果母公司长期股权投资大于应享有子公司可辨认净资产公允价值份额的差额，应当反映在合并资产负债表中。在非同一控制下控制权取得日合并财务报表中，母公司长期股权投资的账面价值通常会大于其应享有的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额。这是因为，母公司在取得控制权之前已经持有了一定比例的子公司股权,而这部分股权的公允价值已经被计入母公司长期股权投资的账面价值中。因此,公司长期股权投资的账面价值通常会大于其应享有的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额。在编制合并资产负债表时，应当将母公司长期股权投资的账面价值与应享有的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额进行比较，如果母公司长期股权投资的账面价值大于其应享有的子公司可辨认净资产公允价值份额的差额，应当将这部分差额作为合并财务报表中的商誉计入资产负债表中。这样做的目的是确保合并财务报表的真实性和准确性,反映出母公司在取得控制权后所形成的商誉。