选项C当选，具体过程如下：

（1）借款合同，指银行业金融机构、经批准设立的其他金融机构与借款人（不包括同业拆借）的借款合同，不包括企业与企业之间签订的借款合同。故甲企业向乙企业借款100万元无须缴纳印花税。

（2）企业与银行签订的流动资金周转性借款合同，应以合同规定的最高限额为计税依据一次性纳税，在限额内随借随还不签订新合同的，不再缴纳。虽签订合同未实际发生借款的，也需要按照限额纳税。综上，甲企业与向商业银行签订的借款合同应纳税额=5 000×0.05‰×10 000=2 500（元）。

选项A不当选，误认为与商业银行签订的流动资金周转性借款合同，未实际发生借款业务，无须缴纳印花税。

选项B不当选，误认为与商业银行借款合同无须缴纳印花税，与乙公司借款合同按照0.05‰税率计算缴纳印花税。

选项D不当选，误认为与乙公司签订的借款合同需要计算缴纳印花税。