选项C当选，具体过程如下：

（1）运输合同的计税依据为取得的运输费金额（运费收入），不包括所运货物的金额、装卸费和保险费等。即不考虑1 000万元和5 000元。

（2）国际货运，托运方全程计税。承运方为我国运输企业的按本程运费计算贴花，承运方为外国运输企业的免征印花税。即只由甲公司缴纳印花税，乙公司免征印花税。综上，甲公司应缴纳印花税=25×0.3‰×10 000=75（元）。

选项A不当选，误将“运输合同”税率适用了0.5‰。

选项B不当选，未考虑到承运方为外国运输企业的免征印花税。

选项D不当选，误将保险费纳入“运输合同”的计税依据。