出售新建厂房的销售收入=6500（万元）；扣除项目合计=3700+39=3739（万元）；增值额=6500-3739=2761（万元）；增值率=增值额÷扣除项目金额×100%=2761÷3739×100%=73.84%，适用增值税税率40%，速算扣除系数为5%，应纳土地增值税=2761×40%-3739×5%=917.45（万元）。按购房发票所载金额计算加计扣除金额=700×5%×6=210（万元）；扣除项目金额合计=700+210+0.6+7.2+20=937.8（万元）；增值额=1200-937.8=262.20（万元）；增值率=增值额÷扣除项目金额合计×100%=262.2÷937.8×100%=27.96%，适用税率30%，速算扣除系数为0，应纳土地增值税=262.2×30%=78.66（万元）。综上合计，该企业应纳土地增值税=917.45+78.66=996.11（万元）。