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全科主治医师考试成绩各科目均以100为满分计算，每科目成绩达到60分为合格，考试成绩有效期为2年。所有4个科目在2年内全部合格者可申请该级专业技术资格。
全科主治医师考试相应专业各科目成绩实行两年为一个周期的滚动管理办法，在连续两个考试年度内通过同一专业4个科目的考试，可取得该专业资格证书。对不同专业(含主亚专业)之间各科目的考试合格成绩，不得作为同一专业合并计算。已参加全科主治医师考试的人员，在规定的时限内报名参加剩余科目考试时须使用原档案号。对单科考试合格成绩在有效期限内，因工作变动等原因，到异地参加本专业剩余科目考试并合格的，由该在区进行数据合成统计，并由当地人事部门核发该专业资格证书。
例：2003年考生甲报考了全科主治医师的基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力四个科目，考试后通过了基础知识、专业知识;2004年报考了全科主治医师相关专业知识、专业实践能力，如果这两科都通过，则通过全科主治医师的考试;如果相关专业知识通过，专业实践能力没有通过，考生甲2003年的成绩已经作废，所以考生甲在2005年至少需要通过全科主治医师的基础知识、专业知识、专业实践能力3个科目，才算通过全科主治医师的考试。
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