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健康管理师的两个科目分别为《理论知识》与《操作技能》。理论知识考试主要考察从业人员从事本职业应掌握的相关知识要求，考试的内容包括了临床医学、预防医学、流行病学以及营养与食品安全等相关知识。技能考试主要考察从业人员从事本职业应具备的技能水平，考察考生的实际应用能力，包括健康监测、健康风险评估和分析、健康指导等方面。
从2021年开始，健康管理师考试由各个省份自己安排进行，因此各个地区的考试频次都不一样。有些地区一年考4次，而有的地区每个月都会安排一个批次的考试，详细的考试安排还是要以当地考试中心通知为准。
当前健康管理师考试由各地自行组织，因此考试题型也不一样，常见到的的考试题型有：单选题、判断题、多选题、综合分析题、简答题等。考生如果想详细掌握所在地健康管理师考试题型，还需要关注当地考试中心的通知。
大部分地方的健康管理师考试采用机考形式，即《理论知识》和《操作技能》两个考试科目均为人机对话形式，考生需操作电脑答题。但因为目前健康管理师考试全都是由各省市自主组织进行的，所以考试形式并不统一，具体情况考生还需咨询当地考试中心。
健康管理师考试各科目时长均为2小时。健康管理师考试包括《理论知识》和《操作技能》两场，大部分地区都使用人机对话的考试形式，每场考试时长均为2小时，总计4小时。