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健康管理师考试总共设为两门科目，也就是《理论知识》与《操作技能》考核。这两科考试满分为100分，都达到60分为及格。两门科目必须要一次考过，单科目及格成绩不予保留。
健康管理师目前不再是全国统一考试，经过2021年改革之后，健康管理师考试由各省份单独安排进行，所以考试时间也不一致，考生需要以当地考试中心公告为准。
健康管理师的两个科目分别为《理论知识》与《操作技能》。理论知识考试主要考察从业人员从事该职业应掌握的相关知识要求，考试的内容涵盖了临床医学、预防医学、流行病学以及营养与食品安全等相关知识。技能考试主要考察从业人员从事该职业应具备的技能水平，考察考生的实际应用能力，包括健康监测、健康风险评估和分析、健康指导等方面。
大部分地区的健康管理师考试是机考形式，即《理论知识》和《操作技能》两门科目均为人机对话形式，考生需操作电脑作答。但因为目前健康管理师考试都是由各省市自主组织进行的，因此考试形式并不统一，具体情况考生还需咨询当地考试中心。