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具体来说，目前农信系统的自上而下的管理体制，大概有四种模式。
一、大一统的农商行
这种结构目前只存在于直辖市，北京、上海、天津、重庆等都是这一模式。在此模式下，大一统的农商行作为一家独立法人，有完善的公司治理结构，自主经营，自负盈亏。这种模式下的农商行，与其他商业银行没有本质的差别，省联社做为一个实体已经消失。
二、省联社—县级联社二元体制
这是目前绝大多数地方农信系统所采用的模式。在此模式下，各县级联社作为独立法人，共同出资成立省联社，省联社不作为经营实体，仅承担管理、指导、协调、服务职能。这种模式下，县级联社在法律上独立，但在经营、管理上均受到省联社诸多掣肘。
三、双头管理模型
双头管理模型的典型代表为深圳农商行和天津滨海农商银行。深圳农商行不归广东联社管辖，自行其是;天津滨海农商银行也不归天津农商银行管辖(尽管天津也是大一统没有省联社的)，甚至滨海(2007)比天津农商(2010)成立的还早。但出现双头模型的深圳和滨海，不仅在当地，甚至在全国都有其独特的政治经济地位，是其他地区难以模仿的。
四、省联社整体转型农商行
采用这一模式的是黄河农商银行，前身为宁夏省联社，2008年带着直属的银川联社转型而来。黄河农商既是一个独立法人实体，又通过控股的方式对下面19家县级法人社承担管理职能。简单来说，黄河农商行既当运动员，又当裁判员，是农信系统改革不完善的典型。
在上述四种模式之外，还有一些特例。一个是苏州银行，前身是东吴农商银行，2010年改制成为了苏州银行并脱离了农信系统，是由农商行转制为城商行的;另一个是江南农商银行，是由常州地区的几家联社合并而来的，虽然尚未脱离江苏农信系统，但是自主性也是很强，并且一直都在蠢蠢欲动打算自立门户。不过这两家都不是省联社，所以就不纳入模式下了。
至于省联社与县级联社的关系，早期的农信系统只有省联社—县级联社这一个模式，既没有地市级这一层级，也没有农商行这一概念。后来随着改革的深入，不仅有的县级联社改制成了农商行，也出现了多家县级联社跨区域合并成立的地市级农商。但不管是信用社还是农商行，不管是县级还是地市级，除非演变成双头模式，否则仍属于省联社管辖的。