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高密度脂蛋白(HDL)是一组不均一的脂蛋白，经超速离心和等电聚焦电泳，可把HDL分成若干亚族。各亚族具有不同的密度，颗粒大小及分子量不尽相同，脂质和载脂蛋白比例不同，经X射线衍射研究证实为三维形态结构。现有资料提示，HDL是对称的准球形颗粒，具有一低电子密度的核心的外壳。低电子密度的中心由非极性脂质所占据，高电子密度是部分由磷脂极性头和蛋白质组成的颗粒外壳。经园二色分析证实，HDL的蛋白部分有2/3是α-螺旋结构，其余为无规则结构。带电荷的极性氨基酸残基构成α-螺旋的极性面，而疏水侧链则占据另一面。氨基酸按顺序排列在螺旋区域形成两性结构。目前认为，HDL的结构是α螺旋区平行于脂蛋白颗粒表面，非极性氨基酸残基伸展到颗粒的非极性核心区域;磷脂的脂肪酰链则垂直于脂蛋白颗粒表面的螺旋形载脂蛋白;胆固醇酯深埋在HDL颗粒的亲脂核心内;而游离的胆固醇可能与颗粒表面在磷脂极性头和载脂蛋白结合。
HDL主要由肝合成，小肠也可合成。HDL按密度大小又可分为HDL1、HDL2和HDL3.HDL1又称为HDLc，仅在摄取高胆固醇膳食后才在血中出现，健康人血浆中主要含HDL2和HDL3.HDL主要是将胆固醇从肝外组织转运到肝进行代谢。
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