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中医学应用五行学说，就是用事物属性的五行分类方法和生克乘侮的变化规律，具体地解释人体生理、病理现象，并指导着临床诊断与治疗。
1.在疾病诊断中的应用五行学说，将人体的内脏分别归属于五行，以五行的特性来说明五脏的生理活动特点。如肝喜条达，有疏泄的功能，木有生发的特性，故以肝属“木”;心阳有温煦的作用，火有阳热的特性，故以心属“火”;脾为生化之源，土有生化万物的特性，故以脾属“土”;肺气主肃降，金有清肃、收敛的特性，故以肺属“金”;。肾有主水、藏精的功能，水有润下的特性，故以肾属“水”。
五行学说还用以说明人体脏腑组织之间生理功能的内在联系。如：肾(水)之精以养肝，肝(木)藏血以济心，心(火)之热以温脾，脾(土)化生水谷精微以充肺，肺(金)清肃下行以助肾水，这就是五脏相互资生的关系。肺(金)气清肃下降，可以抑制肝阳的上亢;肝(木)的条达，可以疏泄脾土的壅郁;脾(土)的运化，可以制止肾水的泛滥;肾(水)的滋润，可以防止心火的亢烈;心(火)的阳热，可以制约肺金清肃的太过，这就是五脏相互制约的关系。
此外，人体与外界环境四时五气以及饮食五味等的关系，也都是运用五行学说来加以说明的。所以，五行学说应用于生理，就在于说明人体脏腑组织之间，以及人体与外在环境之间相互联系的统一性。
由于脏腑都具有五行的属性，因此从本脏所主的色、味、脉等外在的表现，可以用来诊断脏腑的疾病。如在诊断本脏病中，面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病;面见赤色，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛;脾虚的患者，面见青色，为木来乘土;心脏患者，面见黑色，为水来乘火，等等。
也可从他脏所主的色、味、脉来诊断五脏疾病的传变情况。如脾虚患者，面见青色，脉现弦象，为肝病传脾(木乘土);肺病之人，面见红色，脉现洪象，为心病传肺(火乘金)。五脏中任何一脏有病，都可以传及其他四脏，用五行学说来分析，存在着相乘、相侮、母病及子和子病及母四种传变关系。
再如从色与脉之间的生克关系来判断疾病的预后。如肝病面色青，见弦脉，为色脉相符。如果不见弦脉，反见浮脉，则属相胜之脉，即克色之脉(金克木)，为逆，主预后不良;若见沉脉，则属相生之脉，即生色之脉(水生木)，为顺，主预后良好，其他四脏亦可据此判断。
2.在疾病治疗中的运用五行学说也用以说明在病理情况下，脏腑间的互相影响。如肝病可以传脾，是木乘土;脾病也可以影响肝，是土侮木;肝脾同病，互相影响，即木郁土虚或土壅木郁。肝病还可以影响心，为母病及子;影响肺，为木侮金;影响肾，为子病及母。肝病是这样，其他脏器的病变也是如此，都可以用五行生克乘侮的关系，说明它们在病理上的相互影响。这也是五行学说运用于疾病治疗的依据。
根据五行学说人体在病理情况下，脏腑间可以互相影响的理论，在治疗时，除了对病变的本脏进行处理外，还应考虑到其他相关的脏腑，并调整其关系，控制其传变，以达到治疗的目的。如《难经?七十七难》提出的“见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气”，就是运用五行生克关系指导其进行预防性治疗的具体体现。
另外在确定治疗原则和治疗方法上，五行的相生相克规律亦有重要的指导意义，主要有下面几个方面。
(1)根据相生规律确定的治疗原则和方法多用于母病及子或子病及母(即子盗母气)等病证。《难经?六十六难》说：“虚则补其母，实则泻其子。”故其基本治则，即是补母或泻子。所谓补母，主要适用于母子关系失调的虚证。如肾阴不足，不能滋养肝木，而导致肝阴不足，肝阳亢逆者，称为水不生木或水不涵木病证，其治疗原则是不直接治肝，而侧重于补肾阴之虚。肾为肝母，肾水可以生肝木，故滋补肾阴即可以涵敛肝阳。又如肺气亏虚发展到一定程度，可以影响脾的健运，从而导致脾虚。脾土为母，肺金为子，土能生金，故可以用补脾益肺方法进行治疗。此即“虚则补其母”的含义。所谓泻子，主要适用于母子关系失调的实证。如肝火炽盛，有升无降，而见肝病实证时，其治疗则可兼用泻心之法，肝木是母，心火是子，故泻心火则有助于泻肝火。此即“实则泻其子”之含义。根据相生规律确定的治法：主要有滋水涵木、培土生金、金水相生、益火补土等。
滋水涵木法：又称滋肾养肝法、滋补肝肾法。是通过滋补肝肾之阴，以达到涵敛肝阳的目的。滋水涵木法，主要用于肾阴亏虚而致肝阴不足、肝阳偏亢之证。临床可见头目眩晕，眼目干涩，颧红耳鸣，五心烦热，腰膝酸软，男子遗精，女子月经不调，舌红少苔，脉弦细而数等症。
金水相生法：又称补肺滋肾法、滋养肺肾法。是一种滋补肺肾阴虚的治疗方法。主要用于肺虚不能布津以滋肾，或肾阴亏虚，精不能上荣于肺，而致肺肾阴虚的病证。临床可见咳嗽气逆，干咳少痰或咳血，音哑，潮热盗汗，腰膝酸软，遗精，体瘦，口干，舌红少苔，脉细数等症。
培土生金法：又称补养脾肺法。是通过补脾益气达到补益肺气的治疗方法。主要用于脾胃不足，生化减少，肺气失养的肺脾气虚证。临床可见久咳，痰多清稀，食欲减退，大便溏薄，四肢无力，舌淡脉弱等症。
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