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目前不清。可能与种族、营养状况、社会经济因素、年龄（大于40岁或小于20岁发生率升高）、葡萄胎病史、内分泌失调、夫妻双方的遗传因素等有关。
目前遗传学研究认为90%完全性葡萄胎染色体核型为二倍体，均来自父系，由一个细胞基因物质缺失或失活的卵与一个单倍精子受精，经自身复制为2倍体，常见核型为46，XX.10%核型为46，XY，系一空卵与两个单倍精子同时受精而成。孤雄来源是导致滋养细胞过度增生的主要原因，可能与基因组印迹紊乱有关；部分还有分别来源于父母的二倍体核型，与母系印迹基因的破坏有关。
部分性葡萄胎研究系体核型90%为69，XXX，69，XXY，69，XYY的三倍体，其中一套多余来源父方。系一正常单倍体卵子和两个正常的单倍体精子受精，或一正常单倍体卵子（精子）和一个减数分裂的双倍体精子（卵子）受精而成。少数为四倍体。
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