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潜伏期(incubation period)是指病原体侵入机体到最初出现症状和体征之间的这段时期。各种疾病的潜伏期长短不一，短者数小时，长者可达数月或数年。如禽类禽流感的潜伏期从几小时到数天，最长可达21天。人类患上禽流感后，潜伏期一般为7天以内。非典型性肺炎的潜伏期一般在4-10天，临床报告最短病例为1天，最长有20天，甚至有极个别病例达到28天。
一般认为潜伏期长短与感染病毒的种类或者型别、病毒的致病性、病毒的数量、感染途径、被感染机体的免疫力以及其他非生理因素等有关。比如艾滋病病毒，经输血感染的剂量一般较大，所以潜伏期相对较短，而性接触感染艾滋病病毒的剂量较小，因此潜伏期相对较长。HBV感染后的潜伏期一般为20天至6个月，也有报道28～160天，平均70～80天;HCV感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2～26周，平均8周;HIV感染后1到2个月内可能出现急性的症状和体征，随后进入较长期的无症状期，持续6～15年，平均8～10年，大量输血的可缩短至1～5年。梅毒的潜伏期一般为2～4周。