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1995版《中国药典》中，南北五味子都作为同一种中药――五味子入药;而2000版《中国药典》中，五味子是指北五味子，南五味子则单独出现。因此，现在可以认为两者是不同的药材。若以其中任一种充当另一种使用，则应视为假药。北五味子为木兰科植物五味子的干燥成熟的果实;南五味子为木兰科植物华中五味子的干燥成熟果实，由于两者外观相似，为了方便鉴别，现将其外观的主要区别归纳如下：
北五味子呈不规则的球形或肾形，直径5～8毫米，表面呈红色、紫红色或暗红色，皱缩，显油润，有的表面呈黑红色或出现“白霜”，果肉柔软，气微，味酸。种子1～2粒，为肾形，表面棕黄色，有光泽，破碎后有香气，味辛微苦。种皮薄而脆;南五味子果实呈不规则形，较小，直径2～5毫米，表面暗红色或棕褐色，果肉质较薄，无光泽，气微，味酸。内含种子1～2粒，肾形，较北五味子小，表面黄棕色，略呈颗粒状。
同时还发现南五味子脊部粗糙，具疣状突起，而北五味子则无。并且北五味子有起白霜现象，种子破碎后有香气，味辛微苦，而南五味子则无此特征。
五味子名称的来历，五味子自古入药，始载于《尔雅》， 苏恭在《唐本草》中已作了解释，云：“其果实五味，皮肉甘、酸，核中辛、苦，都有咸味。此则五味俱也”。以干燥成熟的果实入药，因其甘、酸、辛、苦、咸，五味俱全，故名五味子。
植物具有种种不同的滋味，这是由其所含的成分决定的。糖类本身含有甜素，淀粉类入口被酶分解后也会变甜――形成麦芽糖和萄萄糖。酸类如苹果酸、柠檬酸等多呈酸味。生物碱类――药理作用最强的成分却多苦味，因此民间有“良药苦口利于病”的说法。某些挥发油、生物碱和辣素具有辣味，而涩味和咸味则分别是含有鞣酸和盐类之故。种种不同的滋味，具有不同的作用。中医认为酸入肝，苦入心，甜入脾，辛入肺，咸入肾。明李时珍在《本草纲目》中说：“酸咸入肝而补肾，辛苦入心而补肺，甘入中宫益脾胃。”一味药具有一种以上滋味的并不少，但一味药而五味俱全的却不太多。由此可知，五味子的药效之高了。故《图经本草》云：“其味酸咸苦辛甘皆全者为真也”。
五味子在我国品种繁多，约有18种。因产地不同，有南北之分，分为南五味子和北五味子。早在400多年前，明代大药物学家李时珍在《本草纲目》中说：“五味子今有南北之分。南产者色红，北产者色黑，入滋补药必用北产者乃良”。北五味子，又称辽五味子，花乳白色或淡红色，果深红色，个大，肉厚，味浓，主要产于辽宁、吉林、黑龙江、内蒙古、甘肃、河北、山西、陕西等省区的山区。历代医家都指出：药用以北五味子为佳。南五味子，又名西五味子、华中五味子。花橙黄色，果红色，个小，肉薄，味淡，主要产于四川、陕西、甘肃、江西以及西藏等省区，常作北五味子的代用品，药效稍逊。南五味子外形特征与北五味子相近。陕西省南北五味子兼有，北五味子主要分布在秦岭北坡、渭北山区及陕北的南部;秦岭南坡和大巴山区为南五味子产区。
北五味子味酸、甘，性温。 有收敛固涩，益气生津，补肾宁心。用于咳喘、遗精、久泻、自汗、盗汗、心悸失眠。对人体具有益气、滋肾、敛肺、涩精、生津、止渴、益智、安神等功效，是生产健脑安神、调节神经药品及保健品的首选常用中药材。
南五味子味辛、苦，性温。 有活血理气，祛风活络，消肿止痛。用于溃疡病，胃肠炎，中暑腹痛，月经不调，风湿性关节炎，跌打损伤。