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药物在一定的温度和湿度下，利用霉菌使其发泡、生霉的方法，称发酵法。发酵的目的为药物经发酵处理，改变原有性能，产生新的作用，以适应临床治疗需要。发酵的方法将含有一定量水分或进行过一定程度加热的药物，铺在容器内用稻草或鲜药草或麻袋盖在上面，或垫在下面，放在温度、湿度适宜的环境进行。温度和湿度对发酵的影响极大。温度过低，或湿度过小(即过分干燥)，则不能进行发酵，或发酵进行得很慢。而温度过高，湿度过大，不适应霉菌生长，发酵亦难以进行。一般以温度30°～37℃，相对湿度70～80%为宜。由于微生物的繁殖、产生发酵，使药物表面呈现黄白色的霉衣，内部发生斑点，气味芳香，又无霉气时，进行干燥，最为适宜。制作时间以五、六月份为佳，如淡豆豉、胆南星。