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(一)说明人体的组织结构
人体是一个有机的整体，中医学根据阴阳对立统一的观点，把人体组织结构划分为相互对立又相互依存的若干部分，由于结构层次的不同，脏腑组织的阴阳属性也有区别。就大体部位而言，躯壳为阳，内脏为阴;上部为阳，下部为阴;体表为阳，体内为阴。就腹背而言，背部为阳，胸腹面为阴。就肢体的内外侧而言，四肢的外侧面为阳，内侧面为阴。就筋骨与皮肤而言，筋骨在深层为阴，皮肤居表为阳。就内脏而言，六腑传化物而不藏，故为阳;五脏化生和贮藏精气而不泻，故为阴。就五脏而言，心、肺位于身体的上部胸腔之中，故为阳;肝、脾、肾位于身体的膈下腹腔，故为阴。具体到每一脏腑，又有心阴、心阳;肝阴、肝阳;胃阴、胃阳;肾阴、肾阳等的不同。可见人体结构中的上下、内外、表里、前后各部分之间，以及体内的脏腑之间，都存在着对立、互根的阴阳关系，都可以用阴阳学说加以分析和认识。因此《素问》说：“人生有形，不离阴阳”。
(二)解释人体的生理活动
人体的生理活动，可以广泛地应用阴阳学说加以说明。就人体一天内的寤寐而言，在白昼人体内属阳的兴奋作用制约了属阴的抑制作用而占主导地位，人就处于醒寤的兴奋状态;进入黑夜，体内属阴的抑制作用制约了属阳的兴奋作用而占主导地位，人就进入休眠状态。所以人的睡眠活动即是机体内部阴阳对立制约运动的结果。
体内物质的代谢过，主要是以阴阳互根互用的消长平衡方式进行。人体生命活动所需的各种精微物质(属阴)的补充，是在不断消耗内脏能量(属阳)的情况下完成的;但属阴的精微物质产生以后，又在相关内脏器官中转换为种种不同的能量，在能量产生的同时，精微物质随之消耗。前者属于阴长阳消的过程，后者是阳长阴消的过程。生命活动就是在这种阴阳彼此不断的消长过程中维持着动态平衡。所以《素问》说：“阴平阳秘，精神乃治”。
在属阴的物质中，气和血又可再分阴阳。属阳的气又具有生血、行血、摄血的功能;而属阴的血又具有载气、寓(藏)气、化生气的作用。可见气血之间又体现着阴阳关系的多个层面。此外，诸如营卫关系、气与津液关系、脏腑关系、经络关系等亦莫不如是。因此《素问》说：“生之本，本于阴阳”。
(三)解释人体的病理变化
疾病是致病因素作用于人体而引起体内阴阳平衡失调、脏腑组织损伤，以及机能障碍的过程。阴阳学说不但可以对病理过程进行分析，还可以对引起病理过程的邪正双方加以说明。病邪可以分为阴邪和阳邪两大类。就六淫邪气而言，则风、暑、热邪为阳邪，寒与湿邪为阴邪。人体的正气，亦有阴精与阳气之别。在邪正斗争中，阳邪伤人，常易伤阴;阴邪侵袭，常先伤阳。在邪正斗争的胜负过程中，机体阴阳失调病机，则有偏盛、偏衰、互损、转化、格拒、亡失等种种病理变化。
(四)指导疾病的诊断
阴阳失调是疾病发生、发展、变化的根本原因，由此产生的各种错综复杂的临床表现亦都可以用阴阳加以说明。故在诊察疾病时，用阴阳两分法来归纳其四诊材料，则有助于对病变的总体属性作出判断，从而把握疾病的本质。故说：“善诊者，察色按脉，先别阴阳。”如：
辨别色泽的阴阳：色泽鲜明者属阳，色泽晦暗者属阴。
辨别声息的阴阳：声音高亢洪亮、多言而躁动者，多属于实证、热证、阳证;声音低弱无力、少言而沉静者，多属于虚证、寒证、阴证。呼吸微弱者属阴;呼吸有力，声高气粗者属阳。
辨别脉象的阴阳：以脉位辨阴阳，寸脉为阳，尺脉为阴;据脉率辨阴阳，则数者为阳，迟者属阴;据脉力辨阴阳，则实脉为阳，虚脉为阴;以脉形辨阴阳，则浮、大、洪、滑属阳，沉、小、细、涩为阴。所以说：“微妙在脉，不可不察，察之有纪，从阴阳始。”
判定证候的阴阳：即是从疾病的部位、性质等辨别其阴阳属性，大凡表证、热证、实证属于阳证;而里证、寒证、虚证属于阴证。因此，只有在总体上把握了疾病的阴阳属性。进行更深层次的辨证分析，才能抓住疾病的本质。所以说：“凡诊病施治，必须先审阴阳，乃为医道之纲领。阴阳无谬，治焉有差?医道虽繁，而可以一言蔽之者，曰阴阳而已”。
(五)指导疾病的防治
调理阴阳，使之保持或恢复相对平衡，达到“阴平阳秘”状态，是防病治病的基本原则，也是阴阳理论用于疾病防治的体现。