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呼吸机参数需要结合血流动力学与通气、氧合监护等来设置。
(1)潮气量：在容量控制通气模式下，潮气量的选择应保证足够的气体交换及患者的舒适性，通常依据体重选择5-12ml/Kg，并结合呼吸系统的顺应性、阻力进行调整，避免气道平台压超过30-35cmH2O.在压力控制通气模式时，潮气量主要由预设的压力、吸气时间、呼吸系统的阻力及顺应性决定; 最终应根据动脉血气分析进行调整。
(2)呼吸频率：呼吸频率的选择根据分钟通气量及目标PCO2水平，成人通常设定为12-20次/分，急/慢性限制性肺疾病时也可根据分钟通气量和目标PCO2水平超过20次/分，准确调整呼吸频率应依据动脉血气分析的变化综合调整VT与f.
(3)流速调节：理想的峰流速应能满足患者吸气峰流速的需要，成人常用的流速设置在40-60L/min之间，根据分钟通气量和呼吸系统的阻力和肺的顺应性调整，流速波形在临床常用减速波或方波。压力控制通气时流速由选择的压力水平、气道阻力及受患者的吸气努力影响。
(4)吸呼比(I：E)设置：机械通气患者通常设置吸气时间为0.8-1.2秒或吸呼比为1：1.5～2;限制性肺疾病患者，一般主张采用稍长的吸气时间、较大的I：E(通常为1：1.0～1：1.5)，长吸气时间(>1.5s)，通常需应用镇静剂或肌松剂。
阻塞性肺疾病患者，宜适当延长呼气时间，减小I：E，以利于充分呼气和排出二氧化碳，通常采用的I：E为1：2.0～1：3.0.但应注意患者的舒适度、监测PEEPI及对心血管系统的影响。
(5)触发灵敏度调节：一般情况下，压力触发常为-0.5～-2.0cmH2O，流速触发常为1～5L/min，合适的触发灵敏度设置将明显使患者更舒适，促进人机协调;若触发敏感度过高，会引起与患者用力无关的误触发，若设置触发敏感度过低，将显著增加患者的吸气负荷，消耗额外呼吸功。
(6)吸入氧浓度(FiO2)：机械通气初始阶段，可给高FiO2(100%)以迅速纠正严重缺氧，以后依据目标PaO2、PEEP水平、MAP水平和血流动力学状态，酌情降低FiO2至50%以下，并设法维持SaO2>90%，若不能达上述目标，即可加用PEEP、增加平均气道压，应用镇静剂或肌松剂;若适当PEEP 和MAP可以使SaO2>90%，应保持最低的FiO2.
(7)呼气末正压(PEEP)的设定：设置PEEP的作用是使萎陷的肺泡复张、增加平均气道压、改善氧合、减轻肺水肿，但同时影响回心血量，及左室后负荷，克服PEEPI引起呼吸功的增加。PEEP常应用于以ARDS为代表的I型呼吸衰竭，PEEP的设置在参照目标PaO2和氧输送的基础上，与 FiO2与VT联合考虑，虽然PEEP设置的上限没有共识，但临床上通常将PEEP设定在5～20cmH2O.最初可将PEEP设定在3～5cmH2O，随后根据血气分析和血氧饱和度适当增加3～5cmH2O，直至能获得较满意的血氧饱和度。原则是达到最好的气体交换和最小的循环影响的最小PEEP.高水平的PEEP应注意监测血液动力学的变化。
(8)报警界限的设置：每分通气量：报警的上、下界限一般应分别设置在病人预置每分通气量上、下20%-30%;气道压力：报警上限一般应设置在维持病人正常潮气量所需吸气峰压之上10-15cmH2O;吸入氧浓度：上、下报警界限应为预置吸氧浓度的上、下10%-20% .
(9)调节湿化器：加温湿化效果最好，出口处气体温度即湿化器温度，一般设置在30～35℃，湿度98～99%.湿化液只能用蒸馏水。高温报警设置不能高于37 ℃ ，低温报警设置不能低于30℃。
(10)启动呼吸机，连接呼吸囊(人工肺)，检查是否漏气，观察呼吸囊的胀缩情况，使呼吸机正常运转。
(11)呼吸机工作正常，则与人体连接，严密监测，根据血气分析进一步调节。一般要求在上机半小时，行血气分析，根据其结果调整呼吸机参数，以后每 2小时重复检查，防止并发通气过度或通气不足。一般患者在吸氧浓度0.4以下，而血氧分压在60mmHg时，允许24小时行一次血气分析。