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许多自身免疫病的起始原因和发病机制尚不清楚。但不论何种原因使机体产生了针对自身抗原和抗体或致敏淋巴细胞时，就可以通过各种途径导致免疫炎症，使机体发生组织损伤或功能异常，表现相应的临床症状。
1.隐蔽抗原释放机体有些组织成分由于解剖位置的特殊性，正常情况下终生不与免疫系统接触，称为隐蔽抗原。例如眼晶状体、葡萄膜和精子等都是隐蔽抗原。机体不能建立对这些组织的免疫耐受性。出生后由于感染或外伤等原因，隐蔽抗原释放出来，与免疫系统接触便能诱导相应的自身免疫应答，导致自身免疫病发生。例如交感性眼炎等。
2.自身组织改变一些理化因素(例如X线照射或服用某些药物)或生物学因素(例如受病毒感染)可直接引起组织抗原变性或改变细胞代谢过程的基因表达，从而改变自身抗原的性质，诱导自身应答，导致自身免疫病。例如自身免疫性溶血性贫血和特发性血小板减少性过敏性紫癜等。
3.共同抗原诱导某些外源性抗原(例如微生物)与人体某些组织有类似的抗原结构，这些抗原进入人体后诱发的免疫应答可以针对相应的组织发生反应。例如A群β溶血性链球菌与人的心肌间质或肾小球基底膜有共同抗原，所以在链球菌感染后容易发生风湿性心脏病或肾小球肾炎。
但既然是共同抗原，为什么自身组织不引起免疫应答，而外源性抗原会引起免疫应答?这可用旁路激活途径来解释。在形成免疫耐受(例如自身耐受)时，T细胞形成耐受状态的速度快，持续时间久;但B细胞产生免疫耐受慢，持续时间短;所以免疫耐受实际上经常处于T细胞耐受而B细胞敏感的不同步状态。但对TD-Ag，单独B细胞敏感不足以引起免疫应答医`学教育网搜集整理。由于T细胞识别抗原的载体，而B细胞识别半抗原决定簇;所以当共同的半抗原决定簇与另一载体(如病毒或药物)结合时，即可诱发B细胞活化，导致自身免疫耐受的破坏。
4.先天易感性遗传因素对自身免疫病的发生也起一定的作用。例如某些带有特殊HLA抗原的人群容易发生自身免疫病。
5.多克隆B细胞活化有许多外源性或内源性的B细胞活化剂(例如细菌脂多糖、淋巴因子、抗Ig抗体等)可以直接作用于B细胞，使多克隆B细胞活化，包括针对自身抗原的B细胞也活化，绕过了T细胞的控制而产生自身免疫应答。
6.免疫调节失常正常情况下，免疫功能处在一个调节网络的控制之下，当调节作用失控或抑制细胞缺陷时，可以使禁忌克隆的细胞复活，重新获得了对自身抗原的应答能力，就有可能发生自身免疫性疾病医`学教育网搜集整理。所以在免疫缺陷病或恶性肿瘤时易伴发自身免疫病。这种理论很容易解释，但是很难得到证实。
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