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近年来主要采用内科综合治疗，控制急性发作，减少复发，防止并发症。
一、一般治疗 急性发作期，特别是重型和暴发型者应住院治疗，及时纠正水与电解质平衡紊乱，若有显著营养不良低蛋白血症者可输全血或血清白蛋白。重者应禁食，给静脉内高营养治疗，待病情好转后酌情给予流质饮食或易消化、少纤维、富营养饮食。腹痛明显者可给小剂量的解痉剂如阿托品、普鲁本辛等，但应防止诱发中毒性巨结肠。
二、水扬酸偶氮磺胺类药物 一般用水扬酸偶氮磺胺吡啶(简称SASP)作为首选药物，适用于轻型或重型经肾上腺糖皮质激素治疗已有缓解者，疗效较好。本药在结肠内经肠菌分解为5-氨基水扬酸(简称5-ASA)与磺胺吡啶，前者是主要的成效成分，能消除炎症。用药方法在发作期每日4-6g，分4次口服，待病情缓解后改为每日2g，分次口服，维持1-2年。也有主张上述维持量用2周，停药1周，如此交替用1-2 年，可防止复发。服药期间须观察磺胺的副作用如恶心、呕吐、皮疹、白细胞减少及溶血反应等。
三、肾上腺糖皮质激素 适用于暴发型或重型患者，可控制炎症，抑制自体免疫过程，减轻中毒症状，有较好疗效。常用氢化考地松200-300mg，或地塞米松10mg每日静脉滴注，疗程7-10天，症状缓解后改用强的松龙，每日40-60mg，分4次口服，病情控制后，递减药量，停药后可给水杨酸偶氮磺胺吡啶，发免复发。
四、硫唑嘌呤 为免疫抑制剂，适用于慢性反复发作者，或用磺胺及激素治疗无效者。用药每公斤体重每日1.5mg，分次口服，疗程1年。副作用主要是骨髓抑制和并发感染。
五、抗生素 对暴发型及重型者为控制继发感染，可用庆大霉素、氨苄青霉素、灭滴灵等治疗。
六、灌肠治疗 适用于轻型而病变局限于直肠，左侧结肠的患者。常用氢化可的松100mg溶于0.25%普鲁卡因溶液100毫升，或林格氏液100毫升保留灌肠，每日一次，疗程1-2个月。亦可用琥珀酸钠氢化考地松100毫克，地塞米松5mg，加生理盐水100 毫升保留灌肠。或加用SASP1-2g灌肠，但SASP灌肠液药性不稳定，须用前新鲜配制。此外，尚有用中药灌肠取得疗效的报导。
七、手术治疗 并发癌变、肠穿孔、脓肿与瘘管、中毒性巨结肠经内科治疗无效者均是手术的适应证。一般行全结肠切除术或回肠造瘘术。
