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原位菌群失调：原位菌群失调是指正常菌群虽仍生活在原来部位，亦无外来菌入侵，但发生了数量或种类结构上的变化，即出现了偏离正常生理组合的生态学现象。根据失调程度不同，原位菌群失调可分为三度。
一度失调：在外环境因素、宿主患病或所采取的医疗措施(如使用抗生素或化学药物治疗)的作用下，一部分细菌受到了抑制，而另一部分细菌却得到了过度生长的机会，造成某些部位正常菌群的结构和数量发生暂时性的变动，即为一度失调。失调的因素被消除后，正常菌群可自然恢复，临床上称这为可逆性失调。
二度失调：正常菌群的结构、比例失调呈相持状态;菌群内由生理波动转变为病理波动。去除失调因素后菌群仍处于失调状态，不易恢复，即具有不可逆性。多表现为慢性腹泻(肠炎)、肠功能紊乱及慢性咽喉炎、口腔炎、阴道炎等，临床常称为比例失调。
三度失调：原正常菌群大部被抑制，只有少数菌种占决定性优势。发生三度失调的原因常为广谱抗菌药物的大量应用使大部分正常菌群消失，而代之以过路菌或外袭菌，并大量繁殖而成为该部位的优势菌。三度失调表现为急性重病症状，如难辨梭菌引起的伪膜性肠炎。白色念珠菌、绿脓杆菌和葡萄球菌等都可能成为三度失调的优势菌。正常菌群的三度失调亦称菌群交替症或二重感染。