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移植抗原是代表个体特异性的同种抗原，亦即组织相容性抗原。主要是HLA.与移植排斥反应相关的抗原还有：血细胞抗原、组织特异性抗原、次要组织相容性抗原(mH或mHA)。
一、主要组织相容性抗原
同种异体移植物移植后常发生免疫排斥反应，引起这种排斥反应的抗原称为移植抗原或组织相容性抗原。动物和人具有多种组织相容性抗原，根据引起排斥反应的移植抗原的强度将组织相容性抗原分为：
(1)主要组织相容性抗原系统，编码这一组抗原的是一组连锁基因，称为主要组织相容性复合体，或主要组织相容性系统。
(2)次要组织相容性抗原，由次要组织相容性复合体或次要组织相容性系统所编码。
在同种异体移植时，决定组织相容性的同种抗原种类很多，其中起主要作用的称为主要组织相容性抗原;在小鼠为H-2，在人类为HLA.HLA分子分3类，其中MHCⅠ类和Ⅱ类分子与移植免疫的关系较为密切;目前认为HLA-DR位点的抗原对移植最为重要，其次为HLA-A、HLA-B、HLA-DQ和HLA-DP，HLA-C在移植免疫过程中没有明显作用。供者强表达HLA的APC，其HLA发挥双重作用：
(1)作为同种异体抗原介导宿主抗移植物反应。
(2)作为过客细胞的重要膜分子，参与移值物抗宿主反应。
在移植过程中，受体的免疫细胞对移植物表面HLA的识别存在着直接和间接两种方式。直接识别：受体T细胞对移植物表面完整的同种异型HLA分子的识别，无需对其加工、处理和递呈。通过直接识别，活化以CD8+CTL为主的T细胞，参与强烈的急性排斥反应。间接识别：抗原需经APC所加工、处理，以活化CD4+Th为主，在慢性排斥反应中发挥重要作用。
二、次要组织相容性抗原
次要组织相容性抗原(mHA)一般仅引起较弱的排斥反应，但某些次要组织相容性抗原的组合能引起强而迅速的排斥反应。mHA是相对MHA而言的，究竟哪些基因编码尚无定论。
次要组织相容性抗原包括非AB0血型抗原及性染色体相关抗原。例如男性Y染色体上有编码次要组织相容性抗原的基因，称为H-Y基因，女性受者可针对男性供者H-Y抗原产生排斥反应。另外，在不使用免疫抑制剂的情况下，即使主要组织相容性抗原完全相同的同胞兄弟姐妹间进行移植，仍会发生移植排斥，此乃由次要组织相容性抗原所引起，这些抗原可能定位在其他染色体上。由于组织配型技术的改进，在主要组织相容性抗原引起的排斥反应基本被控制后，次要组织相容性抗原引起的排斥反应将引起人们的关注。
三、其他组织相容性抗原
(一)AB0抗原系统
AB0血型系统也是主要组织相容性抗原。AB0系统的抗原不仅存在于红细胞，亦存在于血管内皮及其他组织细胞表面，当供者与受者的AB0血型不符时，移植物的血循环重建后会即刻导致严重的排斥反应而使移植失败。但是AB0血型只有4种主要类型，容易检测也容易配型。在进行器官移植时，力求供受体间AB0血型的一致。AB0血型抗体系天然抗体。其他血型物质也可以构成触发移植排斥反应的靶抗原。
(二)组织特异性抗原
是一类特异地表达于各种器官、组织、细胞上的抗原系统。其作用越来越受到关注，但研究不够，未作为配型的必要项目。目前，已被关注的组织特异性抗原有：血管内皮细胞特异性抗原、肾特异性抗原、肝脏特异性抗原等。