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(1 )氨中毒学说：认为肝功能不全时，血氨的来源增多或去路减少，引起血氨升高。高浓度血氨干扰脑组织的能量代谢，抑制神经细胞膜的作用，影响神经递质的作用等，从而出现脑功能障碍而导致昏迷。
(2 )假神经递质学说：肝功能不全时，由于肝内单胺氧化酶活性降低或门体侧支循环的形成，致一些与去甲肾上腺素和多巴胺极为相似的假性神经递质在网状结构的神经突触部位堆积，使神经突触部位冲动的传递发生障碍，从而引起神经系统功能障碍而导致昏迷。
(3 )氨基酸不平衡与肝昏迷：在严重肝功能损伤和有门静脉短路条件下，血中支链氨基酸浓度明显降低，芳香族氨基酸明显增高，当大量芳香族氨基酸进入脑细胞，使假性神经递质生成增多，并抑制去甲肾上腺素合成，最终导致肝性昏迷。
(4 )γ- 氨基酸学说：肝功能衰竭时，肝不能清除肠源性γ- 氨基酸，使血中γ- 氨基酸浓度增加，造成中枢神经系统功能抑制。