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一、HLA与器官移植
HLA分型的应用首先与器官移植相关。MHCⅠ类和Ⅱ类分子是引起同种异体移植排斥反应的主要抗原，供者与受者MHC的相似程度直接反映两者的相容性，供-受者间的MHC相似性越高，移植成功的可能性越大。移植前的重要工作就是通过HLA检测的方法进行组织配型，选择HLA抗原与受者尽量相同的供者，在移植后发生排斥反应时进行恰当的免疫抑制。
二、HLA与AID
寻找与某些疾病相关的HLA型别，研究其发生的遗传背景，这些疾病中以AID居多。例如胰岛素依赖性糖尿病：华人DR9，白人DR4.强直性脊柱炎：B27;SLE：DR3.
三、HLA与输血反应
非溶血性输血反应与患者血清中存在HLA抗体相关，可用HLA分型法检测供者HLA型别和HLA抗体。
四、HLA与法医鉴定
HLA等位基因的多态性是个体的终生遗传标记，无血缘关系的人群中HLA表型完全相同者极罕见，在同一家族内HLA以单倍型方式遗传，据此作亲子鉴定、法医鉴定。尚可对极少量的陈旧标本进行检测，在法医学上可用于凶犯身份鉴定和死者身份鉴定。
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