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潜伏期约为三个月至数年，5年内居多。依囊尾蚴寄生的部位、感染的程度、人体的反应性等不同，其临床表现也各不相同。
(一)脑囊虫病 临床表现复杂多样，可分为以下类型：
1.脑实质型：最常见，临床表现以癫痫最为常见。弥漫性脑实质受累者常引起颅内压增高和精神异常，甚至因脑组织破坏和皮质萎缩而导致痴呆。
2.脑室型：，囊尾蚴寄生于脑室孔附近，则可出现脑脊液循环梗阻、颅内压增高等表现。
3.软脑膜型：寄生于软脑膜可引起慢性脑膜炎。
4.脊髓型：侵犯部位不同可引起相应的不同症状，如截瘫、感觉障碍、大小便潴留等。
此外，兼有前述各型的症状，以大脑与脑室型混合为多见，使临床表现变得更为复杂。
(二)皮下及肌肉囊虫病
约2/3的囊虫病患者有皮下囊虫结节，直径约O.5cm-1.Ocm大小;圆形或椭圆形结节;多在躯干及大腿上端;自数个至数百个不等;其质坚韧似软骨，具弹性感，无痛;皮肤颜色无改变，与周围组织无粘连。结节可分批先后出现，时间久者结节变小变硬。
若大量囊尾蚴寄生于躯干或四肢肌肉内，可引起假性肌肥大症，表现为四肢肌肉肥大，但却软弱无力，甚至行动困难。
(三)眼囊虫病占囊虫病2%以下，多为单眼感染，眼部症状。当虫体死亡时，可产生强烈的刺激，导致色素膜炎、视网膜脉络膜炎。
