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传染病、组织损伤和急性炎症的早期,血清C4含量可因合成增加而升高,可能是一种急性时相反应(参见补体C3含量测定),特别是多发性骨髓瘤C4水平可高出正常人8倍之多。其降低原因亦同于C3,应当注意的是在补体成分的遗传性缺损中,以C1r、C1s、C4及C2的缺损为多见,已发现由于C4的两个基因座位:C4A、C4B表现出高度的多态性,而出现了30余种同种异型,这对于医学研究某些相关疾病的发生和发展有重要意义。临床上,C4的遗传缺损可引起全身性SLE、肾小球肾炎、反复感染以及自身免疫性慢活肝。在病程活动期时,C4水平更呈显著降低,尤其是SLE,降低早于其他补体成分,回升晚于其他成分。对狼疮性肾炎和非狼疮性肾炎,前C4降低,后者多数正常。此外还见于胰岛素依赖性糖尿病、多发性硬化、类风湿性关节炎、良性复发性血尿、IgA肾病、Henoch-Schonlein紫癜、亚急性硬化性全脑炎、IgA遗传性缺乏症、麻风病等多种疾病。