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化学配伍变化系指药物之间发生了化学反应(氧化、还原、分解、水解、取代、聚合等)而导致药物成分的改变，产生沉淀、变色、产气、发生爆炸等现象，以致影响到药物制剂的外观、质量和疗效，或产生毒副作用。
1.产生浑浊或沉淀
中药液体药剂若配伍不当，在配制和贮藏过程中可能产生浑浊或沉淀。例如有机酸与生物碱等等。
2.产生有毒物质
含朱砂的中药制剂不宜与还原性药物如溴化钾、溴化钠、碘化钾、碘化钠、硫酸亚铁等配伍。
3.变色与产气
药物配伍产生有色化合物时，可直接影响外观或药效，例如含有酚羟基的药物与铁盐相遇，可使颜色变深。产气现象一般由化学反应引起，如碳酸盐、碳酸氢钠与酸类药物配伍发生中和反应产生二氧化碳，发生产气现象。
4.发生爆炸
发生爆炸大多由强氧化剂与强还原剂配伍而引起。另外，某些辅料与一些药物配伍时也可发生化学配伍变化。