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由于并购前双方企业的业务流程和管理模式并不完全相同，ERP系统必然存在诸多差异。并且目前多数ERP软件整体功能架构不全面，系统又缺乏可扩展性，部分功能模块没有预留外部接口使得二次开发难以进行。即使并购前双方企业使用相同的ERP系统，由于双方的ERP应用模式不尽相同，信息编码、业务处理规则、报表模板、信息需求存在差异，甚至由于地区不同存在税制、会计法规的差异，并购后也一般需要重整业务流程重构ERP应用模式。
一、根据需求分析构建并购后企业新的管理模式
每个企业都具有独特性，采用的管理模式也有差异在组织方式、业务流程、信息流程等方面都存在不同之处。并购企业必须摸清各方的管理特点及其优缺点，做到知已知彼从需求分析出发构造企业整合后的管理模式。
首先，以企业并购的总体战略为依据确立并购后企业信息化建设的目标、任务及进度计划为整合后的企业提供竞争优势。接着，从合理分配管理资源着手，调整原并购各方的组织架构进行制度设计和优化明确各部门、各单位、各层次的责权利；整合研发、生产、供销渠道等各方面力量，构建新的内外部供应链、产品结构、生产流程等重新确定各类业务处理的程序；分析并购后企业对信息流程的变更需求，弄清整合后企业对信息流程的需求（如内容、格式、加工部门和方式、传播对象和途径、数据接口等）。
此外，还要分析并购企业对系统安全的可靠性、完整性、成本效益、软硬件平台等方面的要求。弄清企业并购对管理的全部需求后，可以将其与软件公司所提供的各种管理模式组件进行充分比较，最终建立并准确描述并购企业未来所需的管理模式作为ERP整合的基础。
二、根据管理模式重构并购企业的ERP系统
无论并购前双方企业使用何种ERP，并购后都需要根据新的管理模式重构ERP系统。有两种可供选择的方案：一是以企业现有ERP为基础；一是放弃现有的ERP而重新选择。
只要原有ERP在功能与技术上仍有一定的先进性则应根据成本效益原则以及出于保留已有信息资源的考虑，在并购后优先选择继续使用原有ERP系统。但由于企业并购之后原有的ERP组件不一定能满足并购后形成的新企业的需求，因而不管双方企业原有ERP是否相同都需要从整合后的管理模式出发重构ERP系统。
以原有ERP为基础的重构步骤一般是：
1.根据并购后的企业管理模式，进行系统分析研究其所涉及到的任务目标、部门岗位、组织形式、信息及其传递路线和时间。在公司战略层、营运控制层、业务操作层和数据管理层上根据企业管理思想、目标、任务、方法和模型分别确定对ERP组件的需求；
2.分析并购双方企业现有的ERP系统，通过比较分析以及考虑软件性能、技术基础、供应商背景等因素选择一个能适应未来需求的ERP系统并进一步弄清企业已拥有的管理组件及其设置情况；
3.在选中的ERP系统中基于组件进行系统重构，即根据企业未来管理模式所需组件确定ERP的哪些组件需要合并、修改、舍弃、重购或定制构建满足企业需求的ERP系统；
4.重构整合后ERP运行平台，包括硬件平台和软件平台并进行新系统试运行和系统检测。
三、根据重构后的ERP进行流程重整和会计协调
尽管ERP的组件化重构已充分考虑了并购后企业的整体需求，但并购双方企业仍会遇到不少新问题和新功能。因此重构ERP之后还必须重整并购企业的业务流程、进行会计协调和重构供应链。
1.业务流程重整
ERP是以业务流程为导向的，并购后的企业必须按它的流程行事，这就需要对现行业务流程进行改造，即根据并购企业信息化的总目标采用改进、优化、再造的策略打破旧的管理结构，从数据到业务环节逐步规范业务流程。业务流程重整涉及每一个部门，内容一般包括人、技术、组织结构以及企业文化的重组。
并购企业实施业务流程重整的关键是思想解放和改革决心。另外业务流程重整还必须成立指导性的权威组织，围绕业务流程而不是按任务或职能来进行重组，注重提高客户的满意度授予员工一定的决策权把控制作为业务流程的一项内容。
2.会计协调
并购企业一般存在会计法规、信息需求、会计处理方法上的差异这就需要在重构ERP之后进行会计协调。会计协调的主要内容包括：
（1）会计处理方法的协调。根据ERP的功能与并购企业的实际情况确定各种核算方法（如材料计价方法、折旧方法、现金流量核算方法）。此外还应利用并购各方在投资机会和现金流量等方面的互补性，选择适当的会计处理方法降低资本成本、盘活闲置资金。
（2）会计输入数据的协调。主要是从种类、格式以及收集方式等方面来规范需要输入系统的数据（例如需要协调并购后的会计科目、客户、供应商、存货、仓库、固定资产、部门、人员、开户银行等代码体系以及相关信息）。
（3）会计输出信息的协调。主要是协调会计制度以及并购企业的需求，规范各种需要打印输出的账簿与报表，规范并购后内部管理报表的种类、内容、格式、输出时间与报送对象。
3.供应链重构
供应链是围绕核心企业从供应商到最终顾客环环相扣的一条完整业务流程链。并购给企业带来的不仅是规模上的扩张而且是研发、生产、供销渠道等各方面的重新整合。因此核心企业进行ERP重构之后所产生的影响必将波及整条供应链的各个节点，这就需要对供应链中的物流、信息流、资金流进行系统化地重新设计和管理以实现整体最优。