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以往传统的以物流职能为核心的物流组织结构，其各部门过于强调单一的、独立的物流基本职能，忽视各个职能间的关系。而不同的物流职能之间存在着严重的目标冲突，具体有运输成本与库存量之间的交替损益、前置时间与运输成本之间的交替损益、安全库存量与库存成本之间的交替损益、客户服务水平与服务成本之间的交替损益等等。在这种结构中，各部门为追求职能目标而看不到全局的整体利益，也没有一项职能对最终结果负全部责任，只有高层管理能看到全局，担当协调的角色。因而，不同职能间利益以及视野的不同会导致职能间不断地发生冲突，都极力强调各自重要性。同时，由于职能经理们看到的只是组织的一个狭窄的局部，及他们的职能所涉及的部分，因此，这种结构并不能给管理者带来关于整个组织活动的广阔视野。
正如良好的物流管理理念随时间的推移在不断改变，数十年来，物流活动的组织结构也从强调“物流职能”为核心转变为强调“物流过程”为核心。目前一个明显的趋势是，物流组织正努力将他们的运作能力更好地支持以过程为导向的管理，而不受功能集成或分割的影响。在以过程为导向的水平组织结构中，当职务是围绕小组而非个人来进行设计时，结果就形成了工作团队。物流组织中自我管理的工作团队具有更强的纵向一体化，它拥有更大的自主权。给自我管理工作团队确定了要完成的目标以后，他就有权自主决定工作分派、工作作息和质量检验方法等。这些团队甚至常常可以挑选自己的成员，并让成员相互评价工作成绩。
目前第三方物流服务供应商提供的服务大都是以物流项目的形式存在，物流团队可以针对客户综合的、个性化的物流服务要求，按照客户的特点进行物流过程纵向重组，形成综合的、一体化的物流服务项目，从而和客户的整个供应链的运作紧密结合。