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包括含氯消毒剂和过氧化物类消毒剂。因消毒力强，故目前在医疗防疫工作中应用最广。
(1)漂白粉
应用最广。主要成分为次氯酸钙[Ca(OCl)2]，含有效25～30%，性质不稳定，可为光、热、潮湿及CO2所分解。故应密闭保存于阴暗干燥处，时间不超过1年。有效成份次氯酸可渗入细胞内，氧化细胞酶的硫氢基因，破坏胞浆代谢。酸性环境中杀菌力强而迅速，高浓度能杀死芽胞，粉剂中用于粪、痰、脓液等的消毒。每升加干粉200克，搅拌均匀，放置1～2小叶，尿每升加干粉5克，放置10分钟即可。10～20%乳剂除消毒排泄物和分泌物外，可用以喷洒厕所，污染的车辆等。如存放日久，应测实际有效氯含量，校正配制用量。漂白粉精的粉剂和片剂含有效氯可达60～70%，使用时可按比例减量。
(2)氯胺―T
为有机氯消毒剂，含有效氯24～26%，性较稳定，密闭保持1年，仅丧失有效氯0.1%。微溶于水(12%)，刺激性和腐蚀性较小，作用较次氯酸缓慢。0.2%1小时可杀灭细菌繁殖型，5%2小时可杀灭结核杆菌，杀灭芽胞需10小时以上。各种铵盐可促进其杀菌作用。1～2.5%溶液对肝炎病毒亦有作用。活性液体须用前1～2小时配制，时间过久，杀菌作用降低。
(3)二氯异氰尿酸钠
又名优氯净，为应用较广的有机氯消毒剂，含氯60～64.5%。具有高效、广谱、稳定、溶解度高、毒性低等优点。水溶液可用于喷洒、浸泡、擦沫，亦可用干粉直接消毒污染物，处理粪便等排泄物，用法同漂白粉。直接喷洒地面，剂量为10～20g/m2。与多聚甲醛干粉混合点燃，气体可用薰蒸消毒，可与92号混凝剂(羟基氯化铝为基础加铁粉、硫酸、双氧水等合成)以1：4混合成为“遇水清”，作饮水消毒用。并可与磺酸钠配制成各种消毒洗涤液，如涤静美，优氯净等。对肝炎病毒有杀灭作用。此外有氯化磷酸三钠、氯溴二氰尿酸等效用相同。
(4)过氧乙酸
亦名过氧醋酸，为无色透明液体，易挥发有刺激性酸味，是一种同效速效消毒剂，易溶于水和乙醇等有机溶剂，具有漂白的腐蚀作用，易挥发的刺激性酸味，是一种高效速效消毒剂，易溶于水和乙醇等有机溶剂，具有漂白和腐蚀作用，性不稳定，遇热、有机物，重金属离子、强大碱等易分解。0.01～0.5%，0.5～10分钟可杀灭细菌繁殖体，1%5分钟可杀灭芽胞，常用浓度为0.5～2%，可通过浸泡、喷洒、擦抹等方法进行消毒，在密闭条件下进行气雾(5%浓度，2.5ml/m2)和熏蒸(0.75～1.0g/m3)消毒。
(5)过氧化氯
3～6%溶液，10分钟可以消毒。10～25%60分钟，可以灭菌，用于不耐热的塑料制品，餐具、服装等消毒。10%过化氢气深胶喷雾消毒室内污染表面;180～200ml/m3，30分钟能杀灭细菌繁殖体;400ml/m3，60分钟可杀灭芽胞。
(6)过锰本钾
1～5%浓度浸泡15分钟，能杀死细菌繁殖体，常用于食具、瓜果消毒。
4.阳离子表面活性剂
主要有季铵盐类，高浓度凝固蛋白，低浓度抑制细菌代谢。有杀菌浓度，毒性和刺激性小，无漂白及腐蚀作用，无臭、稳定、水溶性好等优点。但杀菌力不强，尤其对芽胞效果不佳，受有机物影响较大，配伍禁忌较多，为其缺点。国内生产有新洁尔灭，消毒宁(度米苍)和消毒净，以消毒宁杀菌力较强，常用浓度0.5～1.0‰，可用于皮肤，金属器械，餐具等消毒。不宜作排泄物及分泌物消毒用。