A. 完善的责任追究制度：虽然责任追究制度可以起到一定的警示和约束作用，但并不能从根本上防止医疗不良事件的发生。B. 对每一起医疗不良事件的负责人进行严格处罚：严格的处罚可以起到一定的震慑作用，但并不能从源头上防止医疗不良事件的发生。C. 医患有效沟通：有效的医患沟通可以提高患者满意度，减少医患矛盾，但并不能从根本上防止医疗不良事件的发生。D. 对每次发生医疗不良事件后进行紧急救护：紧急救护可以减轻医疗不良事件的影响，但并不能防止医疗不良事件的发生。E. 运用“系统思维”的方法，从各级层面找出系统原因，提高系统设计水平：这个选项是正确的。通过系统思维，找出并改进可能导致医疗不良事件的系统问题，是最有效的保障患者安全的措施。题目考察知识点分析：本题主要考察了对保障患者安全的理解，特别是对使用系统思维来改进医疗系统的理解。题目考察知识点扩展：保障患者安全是医疗工作的首要任务。为了实现这个目标，我们需要运用系统思维，从各级层面找出可能导致医疗不良事件的系统问题，并进行改进。这种方法比单纯的责任追究或处罚更能从根本上防止医疗不良事件的发生，从而更好地保障患者安全。