选项A：2次，错误。医疗机构对无正当理由开具抗菌药物超常处方的医师提出警告的最低次数不是2次。选项B：6次，错误。该选项大于实际规定的最低次数，故不正确。选项C：3次，正确。根据相关规定，无正当理由开具抗菌药物超常处方达到3次以上的医师，医疗机构应予以警告，并限制其特殊使用级和限制级抗菌药物处方权。选项D：4次，错误。该选项大于实际规定的最低次数，故不正确。选项E：5次，错误。该选项大于实际规定的最低次数，故不正确。题目考察知识点分析：本题主要考察了对医疗机构对无正当理由开具抗菌药物超常处方的医师提出警告的规定的理解和应用。题目考察知识点扩展： 抗菌药物的滥用是全球公共卫生问题，为了有效控制抗菌药物的使用，有关部门对医疗机构开具抗菌药物超常处方的行为进行了严格规定，旨在通过行政手段限制抗菌药物的滥用，保护公众健康。