流脑（典型）病理变化根据病情进展，一般可分为三期：
1.上呼吸道感染期：细菌在鼻咽部粘膜繁殖，经2-4天潜伏期后，出现上呼吸道感染症状，主要为粘膜充血、水肿，少量嗜中性粒细胞浸润，分泌物增多。
2.败血症期：上期约经1-2天，一部分患者进入此期。大部分病人的皮肤，粘膜出现淤斑，此乃细菌栓塞在小血管和内毒素对血管壁损害所出现的出血灶。此期血培养可阳性；出血处刮片也常可找见细菌。因内毒素的作用，患者可有高热、头痛、呕吐及外周血嗜中性粒细胞增高等表现。败血症期主要病变为血管内皮损害。
3.脑膜炎症期：此期的特征性病变是脑脊髓膜的化脓性炎症。脑实质一般不受累，邻近的脑皮质可有轻度水肿。脑膜炎期主要病变为大脑两半球表面和颅底软脑膜炎症