根据意识障碍程度，神经系统表现和脑电图改变，将HE自轻微的精神改变到深昏迷分为四期。
一期（前驱期）：轻度性格改变和行为失常，可有扑翼震颤，脑电图多数正常。
二期（昏迷前期）：以意识错乱、睡眠障碍、行为异常为主。定向力、理解力均减退，不能完成简单的计算和智力构图，言语不清、书写障碍、举止反常也较常见。此期患者可出现腱反射亢进、肌张力增高、踝阵挛及Babinski征等阳性体征。扑翼样震颤存在，脑电图有特征性改变。
三期（昏睡期）：以昏睡和精神错乱为主，各种神经体征持续或加重，大部分时间呈昏睡状态，但可以唤醒。扑翼样震颤仍可引出，脑电图有异常波形。
四期（昏迷期）：神志完全丧失。浅昏迷时，对痛刺激和不适体位尚有反应。深昏迷时，各种反射消失，瞳孔常散大。扑翼样震颤无法引出，脑电图明显异常。