腺体：阿托品通过M胆碱受体的阻断作用抑制腺体的分泌，对唾液腺和汗腺作用最敏感。
眼：通过M胆碱受体的阻断作用使瞳孔括约肌和睫状肌松弛，出现扩瞳，眼内压升高和调节麻痹。
平滑肌：阿托品对内脏平滑肌有松弛作用，对子宫平滑肌没有效果。可抑制胃肠平滑肌痉挛减低蠕动的幅度，用于缓解胃肠绞痛。
心脏：心率阿托品对心率的主要作用为加快心率但治疗剂量的阿托品（0.4-0.6mg）在部分病人可见心率短暂性轻度减慢一般每分钟减少4-8次.
中枢神经系统：治疗剂量可轻度兴奋延髓及其高级中枢而引起弱的迷走神经兴奋作用，中毒剂量可见明显中枢中毒症状中枢由兴奋转为抑制发生昏迷与呼吸麻痹最后死于循环与呼吸衰竭。
血管与血压：大剂量阿托品可引起皮肤血管扩张，出现潮红温热等症状，尤其当微循环的血管痉挛时有明显的解痉作用可改善微循环