在基因操作中，一般所说的限制酶或修饰酶，除非特指，均指Ⅱ型系统中的种类。Ⅱ型限制与修饰系统所占的比例最大，达93%。Ⅱ型酶比较简单，它们识别回文对称序列，在回文序列内部或附近切割DNA，产生带3’-羟基和5’-磷酸基团的DNA产物，需Mg2+的存在才能发挥活性。识别序列主要为4—6 bp，或更长且呈二重对称的特殊序列，但有少数酶识别更长的序列或简并序列，切割位置因酶而异，有些是隔开的。识别位点为回文对称结构的序列经限制酶切割后，产生的末端为匹配黏端，亦即黏性末端，这样形成的两个末端是相同的，也是互补的。若在对称轴5’侧切割底物，DNA双链交错断开产生5’突出黏性末端；若在3'-侧切割，则产生3’突出黏性末端。当限制酶从识别序列的中心轴线处切开时，切开的DNA两条单链的切口，是平整的，这样的切口称为平末端。