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根尖周囊肿是颌骨内最常见的牙源性囊肿，属于炎症性囊肿，一般经历牙齿龋坏、牙髓炎症和坏死、根尖周组织的炎症和免疫反应、Malassez上皮剩余增殖以及增殖上皮团块中央液化、囊性变等一系列病理过程，因此根尖周囊肿常发生于一死髓牙的根尖部。相关牙拔除后，若其根尖炎症未作适当处理而继发囊肿，则称为残余囊肿。
肉眼见囊肿大小和囊壁厚薄不一，囊肿较小时可随拔除之残根或患牙一起完整摘除，为附着于患牙根尖部的软组织囊性肿物。
镜下见囊壁的囊腔面内衬无角化的复层扁平上皮，厚薄不一，上皮钉突因炎性刺激发生不规则增生、伸长，相互融合呈网状，上皮有细胞间水肿和以中性粒细胞为主的炎症细胞浸润。纤维组织囊壁内炎症明显，炎性浸润细胞主要为淋巴细胞、浆细胞，也混杂有中性粒细胞浸润以及泡沫状吞噬细胞。囊壁内可见含铁血黄素和胆固醇晶体沉积而留下裂隙，裂隙周围常伴有多核巨细胞反应。晶体也可通过衬里上皮进入囊腔，故穿刺抽吸的囊液中有闪闪发亮的物质，涂片镜下可见长方形缺一角的晶体，即胆固醇晶体。有时衬里上皮和纤维囊壁内可见透明小体，为弓形线状或环状的均质状小体，呈嗜伊红染色。
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