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三大类微生物主要指以下三类：
1.非细胞型微生物
非细胞型微生物为形体最小，以纳米（nm）为测量单位，结构最为简单，仅含有一种核酸RNA或DNA，或仅为传染性蛋白粒子，具有超级寄生性，仅在活的易感细胞中才能复制，且易变异的最低等生物体，包括病毒、朊粒等。
2.原核细胞型微生物
原核细胞型微生物为单细胞微生物，大小以微米计，其细胞分化不完善，无完整细胞核及核膜、核仁，核质（或称拟核）由胞质内聚积的双链螺旋结构DNA和RNA构成，胞质内有核糖体，但缺少内质网、线粒体等细胞器。此类微生物包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体和放线菌等6类。
3.真核细胞型微生物
真核细胞型微生物（真菌）为多细胞或单细胞微生物，其细胞分化完善，有细胞核和各种细胞器，故易在体外生长繁殖。
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