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错颌畸形的遗传因素来源于种族演化和个体发育。种族演化主要是人类在数十万年的进化过程中，随着食物性质的改变，如：从生食到熟食，从粗糙食物到精细食物，逐步导致人体咀嚼器官产生退化。在咀嚼系统的退化程度方面，咀嚼肌退化程度最大，颌骨次之，牙齿最小。颌骨与牙齿退化程度不一致，导致牙量和骨量的不协调，牙齿产生拥挤，错合畸形由此出现。
个体发育与其它遗传特征一样，错合畸形也可以由亲代遗传给子代。颌骨的这些遗传形态在孪生子中表现为镜像对称。父母双方牙合形态差异较大者，子代通常更容易患错颌畸形。
错颌畸形的遗传因素在错颌畸形的病因中占比生较高，有资料报告称我国错颌畸形的遗传因素约占错颌畸形病因的29.4%。常见的遗传因素的错颌畸形有颜面不对称，牙间隙，牙列拥挤，牙的数目、形态、萌出时间异常，下颌前突，上颌前突，下颌后缩和深覆合等。
遗传性错颌畸形矫治比较困难，应争取及早明确诊断并制定治疗计划，选用适宜的矫治器，治疗结束以后坚持进行长期随访，矫治后也需作较长时间的效果保持。
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