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某海滨城市为发展旅游业，经批准兴建一座三星级大酒店。该项目甲方于1998年10月10日分别与某建筑工程公司(乙方)和某外资装饰工程公司(丙方)签订了主体建筑工程施工合同和装饰工程施工合同。
合同约定主体建筑工程施工于当年11月10日正式开工。合同日历工期为2年零5个月。因主体工程与装饰工程分别为两个独立的合同，由两个承包商承建，为保证工期，当事人约定：主体与装饰施工采取立体交叉作业，即主体完成三层，装饰工程承包商立即进入装饰作业。为保证装饰工程达到三星级水平，业主委托某监理公司实施“装饰工程监理”。
在工程施工1年零6个月时，甲方要求乙方将竣工日期提前2个月，双方协商修订施工方案后达成协议。
该工程按变更后的合同工期竣工，经验收后投入使用。
在该工程投入使用2年零6个月后，乙方因甲方少付工程款起诉至法院。诉称：甲方于该工程验收合格后签发了竣工验收报告，并已开张营业。在结算工程款时，甲方本应付工程总价款1600万元人民币，但只付1400万元人民币。特请求法庭判决被告支付剩余的200万元及拖期的利息。
在庭审中，被告答称：原告主体建筑工程施工质量有问题，如：大堂、电梯间门洞、大厅墙面、游泳池等主体施工质量不合格。因此，装修商进行返工，并提出索赔，经监理工程师签字报业主代表认可，共支付15.2万美元，折合人民币125万元。此项费用应由原告承担。另还有其他质 量问题，并造成客房、机房设备、设施损失计人民币75万元。共计损失200万元人民币，应从总工程款中扣除，故支付乙方主体工程款总额为1400万元人民币。
原告辩称：被告称工程主体不合格不属实，并向法庭呈交了业主及有关方面签字的合格竣工验收报告及业主致乙方的感谢信等证据。
被告又辩称：竣工验收报告及感谢信，是在原告法定代表人宴请我方时，提出为了企业晋级的情况下，我方代表才签的字。此外，被告代理人又向法庭呈交业主被装饰工程公司索赔15.2万美元(经监理工程师和业主代表签字)的清单56件。
原告再辩称：被告代表发言纯属戏言，怎能以签署竣工验收报告为儿戏，请求法庭以文字为证。又指出：如果真的存在被告所说的情况，那么被告应当根据《建设工程质量管理条例》的规定，在装饰施工前通知我方修理。
原告最后请求法庭关注：从签发竣工验收报告到起诉前，乙方向甲方多次以书面方式提出结算要求。在长达2年多的时间里，甲方从未向乙方提出过工程存在质量问题。
【问题】
1原、被告之间的合同是否有效?
2如果在装修饰施工时，发现主体工程施工质量有问题，甲方应采取哪些正当措施?
3对于乙方因工程款纠纷的起诉和甲方因工程质量问题的起诉，法院是否应予以保护?
【答案与解析】
1合同双方当事人符合建设工程施工合同主体资格的要求，并且合同签订形式与内容均合法，所以原、被告之间的合同有效。
2根据《建设工程质量管理条例》的规定，主体工程保修期为设计文件规定的该工程合理使用年限。在保修期内，当发现主体工程施工质量有问题时，业主应及时通知承包商进行修理。若承包商不在约定期限内派人修理，业主可委托其他人员修理，保修费用从质量保修金内扣除。显然，如果装饰施工中发现的主体工程施工质量问题属实，应按保修处理。
3.根据我国《民法通则》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期为2年，从当事人知道或应当知道权利被侵害时起算。本案例中业主在直至庭审前的2年多时间里，一直未就质量问题提出异议，已超过诉讼时效，所以，不予保护。而乙方自签发竣工验收报告后，向甲方多次以书面方式提出结算要求，其诉讼权利应予保护。
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