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需要调查的水质因子有三类：一类是常规水质因子，它能反映受纳水体的水质状况;另一类是特殊水质因子，它能代表建设项目外排污水的特征污染因子;在某些情况下，还需调查一些其他方面的因子。
(1)常规水质因子。以《地表水环境质量标准》(GB 3838-2002)中所列的pH值、溶解氧、高锰酸盐指数或化学耗氧量、五日生化需氧量、总氮或氨氮、酚、氰化物、砷、汞、铬(六价)、总磷及水温为基础，根据水域类别、评价等级及污染源状况适当增减。
(2)特殊水质因子。根据建设项目特点、水域类别及评价等级以及建设项目所属行业的特征水质参数表进行选择，可以适当删减。
(3)其他方面的因子。被调查水域的环境质量要求较高(如自然保护区、饮用水源地、珍贵水生生物保护区、经济鱼类养殖区等)，且评价等级为一、二级，应考虑调查水生生物和底质。其调查项目可根据具体工作要求确定，或从下列项目中选择部分内容。
水生生物方面主要调查浮游动植物、藻类、底栖无脊椎动物的种类和数量，水生生物群落结构等。
底质方面主要调查与建设项目排污水质有关的易积累的污染物。
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