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1.对生态完整性影响
对自然系统生态完整性的影响预测要在本底值估测作为类比标准、背景值监测作为对照的基础上预测和评价。从技术方法上是采用图形叠置法，在GPS支持下，统计出工程在施工期和运行期占用的植被类型和面积，湖河海等水体要计算出占用的具有初级生产力水生生物的面积，根据不同类型现状的生产能力和系统稳定状况，测算出生产能力的损失数量和稳定状况可能的变化情况，据此进行评价。
2.对敏感生态保护目标的影响
根据不同敏感目标生态学特性不同，预测和评价的方法也不相同。
对自然保护区和生物多样性影响的预测是在种群生存力分析和最小可存活种群理论支持下，通过生存面积和生境多样性是否受到损失来判定工程的影响及影响的程度。
对风景资源的影响是在现代美学理论的支持下，对工程建设是否改变了评价区景观资源的自然性、时空性、协调性和综合性进行预测和评价。这个评价要在生态制图的支持下，最好有三维动态仿真图的支持下进行。
对地表和地下径流自然流态的阻隔影响预测一般要在水文地质观测资料的支持下进行，这里特别要注意对没有明显河道、漫流性质的生态用水的影响。
对荒漠化的影响也很复杂，但一定要注意对地表和地下径流的阻断，要注意对地表覆盖层的破坏，包括草被等。
对地质遗迹的影响要在地质调查的基础上，根据遗迹成因，判定工程建设会否破坏遗迹保存的条件，或加快破坏的外营力。
对重要生态功能区和其他敏感区域的影响预测，要在调查和判定主要和辅助生态功能以及完成功能必须的生态过程的基础上，对工程可能对功能与过程的影响进行预测和评价。
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