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生态影响的防护、恢复
采取适当的措施，尽量减少不可避免的生态影响的程度和范围。如迁移重要的物种，把工程限于某一特定地方或季节进行，对受干扰的生境进行修复等。采取适当隔离措施或建立通道等均可在一定程度上减少负面生态影响。
生态影响的补偿
当重要物种(如树木)、生境(例如林地)及资源受到工程影响时，可采取在当地或异地(工程场址内或场址外)提供同样物种或相似生境的方法得到补偿。例如大型开发区的建设可能会侵占大片林地或草地，可以通过区内适当的绿化面积和绿化类型的搭配加以补偿。就地补偿类似于生态恢复，但建立的新生态系统和原生态系统不可能也没有必要完全一致。异地补偿则是在项目建设地无法补偿损失的生态环境功能时，在项目发生地之外实施补偿措施，如在区域内或流域内的适宜地点或在其他规划的生态建设工程中。异地补偿特别要注意补偿地点和补偿形式与建设地区生态类型和功能的联系，以及补偿量的等当量关系。
生态影响的防护对于建设项目的设计、施工、运行和管理是非常重要的。生态影响评价工作不但要发现建设项目可能产生的生态影响，更重要的是能够提出避免、消减或补偿的措施建议。防护重要生境及野生生物可能受工程影响的措施，按优先次序选择，应遵循“避免-消减-补偿”这一顺序。也就是说，能避免的尽量避免，实在不能避免的则采取措施消减，消减不能奏效的就应有必要的补偿方案。
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