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五、总量控制的适用范围扩大
修订前的《水污染防治法》虽然规定了总量控制制度，但只适用于“特殊水体”，即排污达标但水质不达标的水体。
修订后的《水污染防治法》对总量控制制度做了两方面修改:一是扩大了总量控制的适用范围，不再局限于排污达标但质量不达标的水体，并要求地方政府将总量控制指标逐级分解落实到基层和排污单位;二是除国家重点水污染物外，允许省级政府可以确定本行政区域实施总量控制的“地方重点水污染物”。
六、“区域限批”手段法制化
“区域限批”制度是环境监管手段的重要创新。实践证明，“区域限批”制度的效果非常明显，不仅使违法建设单位受到严厉惩罚，也使一些地方政府官员对环评等法律制度产生了敬畏之心。
修订后的《水污染防治法》及时吸纳了这一创新，并将其由行政管理措施上升为强制实施的法律制度。第十八条规定:“对超过重点水污染物排放总量控制指标的地区，有关人民政府环境保护主管部门应当暂停审批新增重点水污染物排放总量的建设项目的环境影响评价文件。”
七、公众参与有保障
公众对改善严重污染的水环境具有极大的热情，法律为公众参与设计了相关制度。新修订的《水污染防治法》从4个方面提供了公众参与的制度保障:一是赋予公众检举权。第十条规定，任何单位和个人都有权对污染损害水环境的行为进行检举。二是对违法者公开曝光。第十九条规定，上级环保部门对未完成总量控制指标的下级行政区予以公布，各级环保部门对违法企业予以公布。三是统一发布国家水环境状况信息，保障公众环境知情权(第二十五条)。四是公益诉讼初露端倪，允许环保社会团体依法支持因水污染受害人向法院提起诉讼(第八十八条)。
八、排污许可制度进入法律
国家正在加紧拟定《排污许可证条例》，根据2004年生效的《行政许可法》的规定，尚未制定法律的，行政法规可以创设行政许可;已经制定法律而法律没有设定许可的，行政法规不能创设许可，只能在法律设定的许可范围内做出实施性规定。由于过去《水污染防治法》没有明确设定排污许可，制定《排污许可证条例》面临着法律障碍。
修订后的《水污染防治法》第二十条不仅提出国家实行排污许可制度，同时还规定了这一制度的基本内容。第一，明确了4类适用对象:向水体排放工业废水的企业单位，向水体排放医疗污水的医疗卫生机构，城镇污水集中处理设施的运营单位，其他按照规定应当取得排污许可证的企业事业单位。第二，明确了两项基本要求:禁止无证排污，禁止违证排污。第三，明确授权立法，即排污许可的具体办法和实施步骤由国务院规定。
九、创设排污单位的自我监测义务
排污单位藐视法律义务弄虚作假，环保部门因监管力量薄弱而底数不清，这是一些地方基层环保工作的实际状况。在修订过程中，有关机关充分研究了国情，并参考了国外经验，认为自我监测、记录和申报是企业的基本义务，随时抽查和核实是环保部门的基本权力。
修订后的《水污染防治法》对此从4个方面做了规定:一是新设定排污单位具有自我监测义务，要求其安装自动监测设备并与环保部门联网，保存原始监测记录。二是明确适用于“重点排污单位”。三是规定重点排污单位名录由环保部门商有关部门确定。四是规定未安装、未联网、未监测、未保存原始监测记录的，将被处以10万元罚款。
十、事故应急处置规范得到加强
2005年发生的松花江特大水污染事件，造成了令人沉痛的后果，它不仅推动了中国的突发事件预防应对工作，也在一定程度上直接推动了《水污染防治法》的修订。
修订后的《水污染防治法》专设第六章，集中规定了“水污染事故处置”方面的要求，主要包括:一是政府应当做好突发水污染事故的应急准备、应急处置和事后恢复。二是企业应当制定应急预案，并定期演练。三是发生事故后，企业应当立即启动应急预案，采取应急措施。四是环保部门应当及时报告政府，抄送有关部门。
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