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完善水环境监测网络，建立水环境信息统一发布制度
修订后的《水污染防治法》第二十三条规定，重点排污单位应当安装水污染物排放自动监测设备，与环境保护主管部门的监控设备联网，并保证监测设备正常运行。排放工业废水的企业，应当对其所排放的工业废水进行监测，并保存原始监测记录。第二十五条规定:“国家建立水环境质量监测和水污染物排放监测制度。国务院环境保护主管部门负责制定水环境监测规范，统一发布国家水环境状况信息，会同国务院水行政等部门组织监测网络。”
经验证明，水环境监测是严格执法的基础，没有完善的水环境监测网络，就不可能贯彻落实好《水污染防治法》。建立水环境监测制度的前提，就是对单位的排污行为进行连续自动在线监测，并要与当地环保部门的监控设备联网。在这个基础上，完善水环境质量监测网络，规范水环境监测制度，建立统一的水环境状况的信息发布制度。
完善饮用水水源保护区管理制度
为确保城乡居民饮用水安全，修订后的《水污染防治法》在立法宗旨中明确增加了“保障饮用水安全”的规定，并专门增设了“饮用水水源和其他特殊水体保护”一章，进一步完善饮用水水源保护区的管理制度。一是完善饮用水水源保护区分级管理制度。规定国家建立饮用水水源保护区制度，并将其划分为一级和二级保护区，必要时可在饮用水水源保护区外围划定一定的区域作为准保护区。二是对饮用水水源保护区实行严格管理。规定禁止在饮用水水源保护区内设置排污口。禁止在饮用水水源一级保护区内新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目;禁止在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目;已建成的，要责令拆除或者关闭。三是在准保护区内实行积极的保护措施。规定县级以上地方政府应当根据保护饮用水水源的实际需要，在准保护区内采取工程措施或者建造湿地、水源涵养林等生态保护措施，防止水污染物直接排入饮用水水体。四是明确了饮用水水源保护区划定机关和争议解决机制。对城乡居民的饮用水安全进行特殊保护，体现了以人为本的理念。
强化城镇污水防治
修订后的《水污染防治法》第四十条规定，城镇污水应当集中处理。县级以上地方人民政府应当通过财政预算和其他渠道筹集资金，统筹安排建设城镇污水集中处理设施及配套管网，提高本行政区域城镇污水的收集率和处理率。第四十五条规定，向城镇污水集中处理设施排放水污染物，应当符合国家或者地方规定的水污染物排放标准。城镇污水集中处理设施的运营单位，应当对城镇污水集中处理设施的出水水质负责。环境保护主管部门应当对城镇污水集中处理设施的出水水质和水量进行监督检查。
强化城镇污染防治，是在全国人大常委会审议期间，由全国人大常委会组成人员提出来的。全国人大《水污染防治法》执法检查组对全国城镇污水防治工作进行了认真的检查，对城镇水污染的状况和后果有着直接的感受。有关防治城镇水污染的规定，必将大大推动城镇水污染的防治工作。
关注农业和农村水污染防治
修订后的《水污染防治法》对农业和农村水污染防治给予了高度关注，增加了一些防治农业和农村水污染的规定。
第四十九条规定:“国家支持畜禽养殖场、养殖小区建设畜禽粪便、废水的综合利用或者无害化处理设施。畜禽养殖场、养殖小区应当保证其畜禽粪便、废水的综合利用或者无害化处理设施正常运转，保证污水达标排放，防止污染水环境。”第五十条规定:“从事水产养殖应当保护水域生态环境，科学确定养殖密度，合理投饵和使用药物，防止污染水环境。”第六十三条规定:“国务院和省、自治区、直辖市人民政府根据水环境保护的需要，可以规定在饮用水水源保护区内，采取禁止或者限制使用含磷洗涤剂、化肥、农药以及限制种植、养殖等措施。”
全国人大常委会组成人员认为，加强对农业和农村水污染防治，对于全面建设社会主义新农村，对于保护广大农民的身体健康、实施可持续发展战略，具有深远的影响。
做好水污染事故应急处置
修订后的《水污染防治法》对增强水污染应急反应能力做出了规定，以减少水污染事故对环境造成的危害。一是规定各级人民政府及其有关部门、可能发生水污染事故的企业、事业单位，应做好突发水污染事故的应急准备、应急处置和事后恢复等工作。二是规定可能发生水污染事故的企业、事业单位，应当制定有关水污染事故的应急方案，做好应急准备，并定期进行演练。生产、储存危险化学品的企业、事业单位，应当采取措施，防止在处理安全生产事故中产生的可能严重污染水体的消防废水、废液直接排入水体。三是规定企业、事业单位发生事故或者其他突发性事件，造成或者可能造成水污染事故的，应当立即启动本单位的应急方案，采取应急措施，并向事故发生地的县级以上地方人民政府或者环境保护主管部门报告。环境保护主管部门接到报告后，应当及时向本级人民政府报告，并抄送有关部门。
加大违法排污行为处罚力度
“守法成本高、违法成本低”一直是水污染治理的瓶颈。修订后的《水污染防治法》加大了水污染违法的成本，增强了对违法行为的震慑力。
一是对未完成重点水污染物排放总量控制指标的地方政府、违反本法规定严重污染水环境的企业，予以公布。
二是综合运用各种行政处罚手段，加大行政处罚力度，根据违法行为的不同，规定了责令改正、责令停止违法行为、罚款、责令停业、责令关闭等措施，同时要求对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
三是完善行政措施，强化环境保护主管部门的执法手段。将责令限期治理、停产整治等行政强制权赋予环境保护主管部门。
四是修订后的《水污染防治法》尤其加大了对私设暗管等规避监管行为的处罚力度。第一，对于违反法律、行政法规和国务院环境保护主管部门的规定设置排污口或者私设暗管的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令限期拆除，处两万元以上10万元以下的罚款;逾期不拆除的，强制拆除，所需费用由违法者承担，处10万元以上50万元以下的罚款;私设暗管或者有其他严重情节的，县级以上地方人民政府环境保护主管部门可以提请县级以上地方人民政府责令停产整顿。第二，如果私设暗管，还具有超标排污行为的，依据第七十四条的规定处罚。即排放水污染物超过国家或者地方规定的水污染物排放标准，或者超过重点水污染物排放总量控制指标的，由县级以上人民政府环境保护主管部门按照权限责令限期治理，处应缴纳排污费数额两倍以上5倍以下的罚款。限期治理期间，由环境保护主管部门责令限制生产、限制排放或者停产整治。限期治理的期限最长不超过一年;逾期未完成治理任务的，报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。第三，如果违反企业私设暗管的行为违反了《治安管理处罚法》的规定，可以给予人身拘留，如果私设暗管，构成犯罪的，还可以根据《刑法》追究刑事责任。
五是让排污者承担必要的民事责任。第一，因水污染受到损害的当事人，有权要求排污方排除危害和赔偿损失。第二，建立举证责任倒置制度。第八十七条规定，因此引起的损害赔偿诉讼，由排污方就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。第三，规定了共同诉讼制度。第八十八条规定，因水污染受到损害的当事人人数众多的，可以依法由当事人推选代表人进行共同诉讼;环境保护主管部门和有关社会团体可以依法支持因水污染受到损害的当事人向人民法院提起诉讼。第四，建立对污染受害者的法律援助制度，第八十八条做出了具体规定。第五，为了有利于解决水污染民事纠纷，为民事纠纷提供有效的证据，第八十九条还规定，因水污染引起的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷，当事人可以委托环境监测机构提供监测数据。环境监测机构应当接受委托，如实提供有关监测数据。
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