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干净之水源可供日常生活之自来水源，灌溉水，养殖用水，工业用水及休憩用水等，如果水质受到污染，必会影响到其正常用途，而造成危害，可分成下列数点说明之：
1.公共卫生病患者之排泄物常含有大量病菌，若流入水体，此种病菌常经由给水，水产物等传染给健康者。
如十九世纪中叶欧洲霍乱，伤寒病之大流行，即由此产生。虽然目前自来水经净化消毒能除去霍乱、伤寒、痢疾ㄅㄅ等，但若污染来源未减少，以及水处理不彻底，还是不能完全地阻止疾病的蔓延。工业废水中常含有有毒物质，若废水未经处理过，便直接排入水体会造成严重的危害，将使水中生物不适应而死亡或变异，尤其当该河川之下游处，被用为公共给水水源或为娱乐用途或鱼场时，这些有毒物质包括强酸、强碱、类、氰化物及铬、铜、汞等重金属及放射性物质等。
2.水中生物之影响
鱼类或其它水生物，均需有适当的溶氧才能生存，故水体遭受污染后，往往会影响水中生物之生存，严重污染者，会造成水中生物的死亡。故河川中常因家庭污水，及有机性工业废水之排入而消耗河川中之溶氧，造成鱼类迁徙，甚至死亡。鱼类在水中适合生存的pH值约为6.5-8.4之间，若pH值太高或太低均能妨害鱼类的生长，故遭受酸碱性废水排入之水体，将影响其生存。此外废水中的有毒物质，如电镀工厂之氰化物及重金属，塑料工厂之氰化物以及煤气工厂之类化合物及悬浮固体物等，均会致使鱼类及水生物窒息。例如民国七十五年四月间，所发生的二仁溪河口绿牡蛎事件为最具代表性。
3.农业用水的污染
由于引用污染水源来灌溉，或是污染物的直接侵入农田，以致农作物受损害，其严重的程度不一。大致而言，可能造成的损害主要为农作物的枯萎或减产，土质变劣而导致农地废耕，毒物累积，农作物之品质低劣，及水利设施耗损，并增加维护管理费用等。根据中国台湾省水利局的调查统计显示，全省十五个农田水利会，最近十二年以来，对于水质污染所造成的农作物损害，有日渐严重之势。另外受工厂排放废水污染，而使得农地受重金属如镉(Cd)、铅(Pb)等之污染，以致于废耕者，例如观音乡的高银化工厂之污染面积达十七公顷;而芦竹乡的基力化工厂污染面积达36公顷，此为截至目前所发现受影响最大之土地污染损失。
4.自来水之影响
水污染对于各用水的影响中，最被关切约为影响自来水源水质。根据中国台湾省自来水公司与台北自来水事业处统计年报上所载资料颗示，台海地区共有324个净水厂，而在民国79年的一项问卷调查结果显示，有效问卷的276个净水场，其中有60个净水场，占21.7%，其原水水源遭受污染，可见目前净水场水源污染的严重性。这些遭受污染的水源主要来工业废水、都市污水、养猪废水等废水的排放所造成，污染后的水源。轻者增加净水场的操作成本，严重时水厂被放弃，取水设施之放弃或改变，以及使水质变劣等案例不少。诸如南港水厂因基隆河水遭受严重污染而放弃，新营水厂因急水溪严重污染，现已放弃原水源，台北公馆取水口因受水污染，被迫移至青潭堰，云林北港水厂因工厂废水污染改抽地下水。
5.经济上的其它损失
钢造物如船只及河中或河岸之构造物，若遭受酸性废水之侵蚀，将造成财产上的损失;若此种经酸性污水所污染之水源，若再被用作为冷却水、自来水、或工业用水源，将会加速腐蚀水管、抽水机及其它设备，损失甚钜。温度高的废水若排入河川中，将使河水温度升高，一些需利用河水作冷却水之工厂，则必得自行凿深井或者寻找其它水源，而使得操作成本增加。另外污染之水纽常会造成邻近地区不动产的贬值，以及降低娱乐价值。例如台北市的淡水河，近来由于严重的污染，使得水质已恶劣至无人愿意在河中划船游乐。
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