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药品价格扭曲的成因首先在于供求关系，而主要原因在于多年来存在的“医药合办”体制赋予医院以特定的双重角色，既行医，又售药；“医药倒置”的医疗机构补偿机制为医院“以药养医”提供了内在激励。因此，必须理顺药品价格的形成和调整体系，这不仅对降低虚高价格、控制医药费用不合理增长意义重大，而且对整体推进医疗卫生体制改革也十分重要。
1、理顺和调整医疗机构补偿机制，加快医药分家。首先，调整目前医疗服务机构过度依赖药品价格加成的补偿机制，适当提高医疗服务价格，以体现医疗劳务活动中的知识技术和劳动价值。抑制医院只*财政拨款、提高医疗收费价格，多检查、多开药、多收费以求发展的弊端，着眼于扩大医疗服务范围，满足群众多方面的健康需求；解决技术劳务收费偏低的问题，逐步改革医疗价格体系，分层次、分等级定价，对不同的医疗机构，根据其服务内容和服务质量拉开档次，放开部分特殊医疗服务价格，充分调动医院自我发展的积极性。
当然，医疗服务价格体系的调整必须充分考虑各方面的承受能力，要在严格控制物价总水平的条件下进行。其次，进行医药分家，把医院的门诊药房改为药品零售企业，自主经营、依法纳税，彻底切断医疗机构、医生和药厂、药商之间的直接经济利益联系。可以采取过渡性的步骤逐步实现。第一步，进行药品收支两条线管理，逐步弱化药品收益对医院的补偿作用；第二步，实行门诊药房独立核算，强化经营意识；第三步，实行门诊药房托管经营，将医院门诊药房委托给有药品经营资格和经营经验的单位全权管理和经营医院门诊药房；第四步，将药房剥离出医院，成立为独立的企业法人，改为药品零售企业。
2、建立和完善药品集中招标采购制度。现行的药品集中招标采购制度中的招标主体是受政府委托的中介代理机构，而不是自主经营、自负盈亏的独立经济实体，缺乏内在的激励和约束机制。因此，必须使药品集中招标方的行为真正市场化，体现出其公开、公平、公正的市场契约的特征。首先，由经国家批准资格认证若干个药品销售公司（数量适中，切忌过多过滥，美国也只有8家），作为独立经济实体，自主经营、自负盈亏的企业，向制药厂家公开招标、竞价采购药品，销售药品，并可跨地区连锁经营，向国家缴纳税金。其次，加强药品监督机构对药品集中招标采购的监督管理，确保药品招标制度的有效施行。
3、建立新型的医药市场运行模式。可以借鉴荷兰、日本等发达工业化国家的经验，建立新型医药市场运行模式。在该市场上，患者向医疗保险机构投保医疗保险，并支付保险费；患者去医院就诊，医生根据患者病情开出处方，患者持处方去经国家批准资格认证的药品销售公司或其连锁药店购药；医院、药品销售公司分别将各自的医疗单据交付医疗保险机构，医疗保险机构作为第三方付费人对各医疗单据的内容进行核实后，通过银行向医院和药品销售公司付款；医疗保险机构以该地区上一年度的医药支付状况为参考基数，对各个医院和药品销售公司进行财务预算，总量控制。药品销售公司作为独立经营企业，公开招标、竞价采购药品并向制药厂支付药款，在药品质量上向患者负责，并向国家缴纳税金。制药厂作为自主经营的企业生产优质药品，向药品销售公司投标销售药品，获取利润。政府有关机构应该转换职能，退出目前市场直接参与者的身份，做好调控和监督者的角色，制定法规体系和宏观医疗调控政策，监督各市场参与主体的行为，并提供适当财政补贴。
这种新型的医药市场运行模式有助于建立药品完全竞争的市场机制，能够避免医药价格的扭曲。
其优点在于：（1）药品完全竞争市场是一个没有任何外在力量干预和控制的市场。既没有国家政府的干预，也没有药品产供销串谋的集体行动对市场机制作用的阻挠。
（2）竞争有助于提高质量、降低成本，对制药行业进行优胜劣汰，有利于调整医药产业结构，使医药资源得以充分利用。
（3）药品销售公司通过公开、竞价、批量的方式采购药品，充分体现药品市场的公平竞争原则，自主经营，自负盈亏，照章纳税。同时，患者、医院、医疗保险机构对药品销售公司形成多元化制约机制。（4）有助于建立新型的供给与需求的均衡关系，提高患者的满意度。药品销售与医院效益脱钩，消除了医院在临床用药方面的利益驱动，防范医生在医疗行为中的不正之风，使医院与患者之间建立一种新型的供给与需求的均衡关系