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扣除项目评估方法的选择：
1.取得土地使用权所支付的金额
取得土地使用权所支付的金额指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。目前主要包括以下几种形式：
以出让金形式取得土地使用权，以出让合同为依据按出让金进行扣除;
以毛地价形式取得土地使用权，以出让合同为依据按毛地价进行扣除;
以招牌挂形式取得土地使用权，以合同为依据按土地价格进行扣除;
以受让方式取得土地使用权，以土地和税务部门登记的受让价格和土地增值税计税价格进行扣除;
无法确认历史土地使用权取得价格的情况下，依《土地增值税暂行条例》之规定，按取得土地使用权时的基准地价进行评估;划拨土地转让时，按转让时点地价标准评估其应补交的出让金或毛地价。
2.房地产开发成本
对于房地产开发项目开发成本的评估，适宜采用市场比较和分部分项的评估方法。房地产开发成本评估关键是反映其现时的重置成本价值。
房地产开发成本评估的要点是在于如何与取得土地使用权所支付的金额进行衔接。若取得土地使用权所支付的仅为出让金，房地产开发成本中还应包括政府收取市政基础设施建设费、开发商发生的通平费用;若取得土地使用权所支付的仅为毛地价，房地产开发成本中应包括开发商发生的通平费用;若取得土地使用权所支付的为熟地价，房地产开发成本中不应再包括土地征用及拆迁补偿费。
3.旧房及建筑物的评估价格
旧房及建筑物的评估价格所包含的内容在包括房地产开发成本全部子项的基础上，还应包括开发土地和新建房及配套设施的费用(即与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用)和开发利润。
根据《土地增值税暂行条例》之规定，旧房及建筑物的评估价格应采用重置成本价乘以成新度折扣率的方法确定。
销售费用的计算，应注意区分不能等同于估价规范中的销售税费，避免销售过程中的税费(营业税及其附加)重复计算。
《土地增值税暂行条例》中并未对开发利润的计算作明确的说明，开发利润的记取应遵循房地产估价规范的要求，即应以土地取得费和开发成本之和为基础，根据开发、建造类似房地产相应的平均利润率水平求取，因为只有这种结果才能充分体现开发主体投资行为所承担的全部风险报酬。